伴随着世界政治、经济格局不断演变,由于地区、文化、民主等复杂关系激化而成的国际恐怖主义也正愈演愈烈。与此相比更值得我们警惕的是发生在中国的恐怖活动正在以更加频繁、更大规模、更复杂的背景原因的形式持续危害着中国正在进行的全面深化改革事业进程。据新疆自治区公安厅统计:2009年以来,新疆自治区年均打击处理100余起有组织的严重危害人民生命财产安全案件,特别是在2012年共打击处理严重暴力恐怖类案件超过190起。,比上年有大幅增加。无论是稍早前发生在新疆地区的乌鲁木齐“5·22”、莎车“7·28”、轮台“9·21”等多起严重暴恐案件,还是发生在2014年3月份的昆明“3·01”严重暴力恐怖事件,这都已经表明恐怖主义犯罪目前在中国有高发的态势。为了维护国家安全与全体公民的人身财产安全,就必须要采取必要措施,严厉有效惩治涉嫌恐怖主义的犯罪行为,另一方面,因为恐怖主义犯罪的特殊性,国际的通常惯例都会采取在一定程度上侵犯公民隐私乃至侵犯人权的前置性措施。这样“未雨绸缪”的做法本无可厚非,但正所谓过犹不及,如何才能在打击恐怖主义犯罪与保护人权之间进行取舍呢?作者认为,惩治恐怖主义所要维系的集体性秩序与保护人权所代表的个体性自由都是十分重要的。本文分为四个主要部分。第一部分:从正、反两个方面分别论述了反恐和人权保护的内在联系与外在冲突,从理论上分析打击恐怖主义和保护人权的逻辑关系并指出其冲突表现。着重在法律层面着重分析了二者产生冲突的主要法律原因。通过对国际发达国家的司法实践与国际公约的分析,指出反恐措施的特殊性、以安理会决议为借口、过度强调军事打击的作用、国家滥用人权克减原则是二者产生冲突的主要法律方面原因;第二部分:笔者分别从反恐对本国普通公民的权利侵犯、外国普通公民的权利侵犯、受害公民的权利侵犯、恐怖犯罪嫌疑人的权利侵犯四个层面,分门别类地展示了反恐和人权保护冲突的具体表现形式,使本文的探讨内容更加具有针对性;第三部分:就国家惩治恐怖主义犯罪和公民的人权保护可能产生的冲突,结合国外各发达国家的经验教训提出改进建议:反恐立法与措施要遵循合法性原则、慎重克减公民的基本权利、尊重并保障恐怖犯罪嫌疑人的基本人权、反恐过程中限制使用武力等四项学术主张;第四部分:笔者结合目前中国为了完善反恐立法中的人权保护状况而提出了自己对人权保护的具体建议:通过制定《中华人民共和国反恐法》确保人权的实现、完善反恐实体法中的人权保障、完善反恐程序法中人权保障、通过国家赔偿制度保障反恐中的人权保护的立法和司法事件建议,以期可以“加强对权力运行的制约和监督,把权力关进制度的笼子里”。用好法律的武器兼顾维护国家安全和公民人权,进而不断贯彻和落实在党的十八届四中全会上所提出的“完善以宪法为核心的中国特色社会主义法律体系”实现依法治国的宏伟蓝图。