牙含章是我国当代著名民族政治理论家、宗教学家和藏学家，革命经历丰富，学术著述等身，在诸多领域有着独特贡献和重要建树，曾担任中国社会科学院民族研究所等重要机构领导职务。作为我国重要的民族政治和宗教问题理论家，他在民族政治和宗教问题方面做了大量的学术研究工作，推动了新中国民族宗教理论的发展和相关政策措施的制定实施。他曾承担护送十世班禅额尔德尼返回西藏等中央交办的重大政治任务，通过丰富的学术研究和杰出的政治工作，为维护国家统一、民族团结、宗教和谐做出了突出的贡献。牙含章的学术思想十分丰富，主要体现在民族政治和宗教问题领域。他在回回民族问题、“民族”概念问题、民族形成问题、社会主义民族问题等民族政治研究领域提出了诸多创新观点，全面阐释了我国宗教信仰自由政策，深刻剖析了宗教与迷信的关系，推动了中国无神论史研究，对历史上中央与西藏关系、西藏农奴制度、西藏喇嘛教等方面的藏学研究贡献良多。
　　牙含章的学术思想具有重要的理论价值和现实意义。首先，在民族政治方面，牙含章开创性地提出回族主要是由元代时期从西亚、中亚来到我国的一些信仰伊斯兰教的移民以及部分信仰伊斯兰教的汉人逐渐形成的一个少数民族的观点，这对于团结回族同胞具有重要的政治意义。他修正了建国初期人们对斯大林“民族”定义的严重误读，在深入研究马克思主义经典作家相关论述基础上科学地提出了民族形成的上限应定位在原始社会“蒙昧时代”的重要论断。其次，在宗教问题方面，牙含章对中国的宗教信仰自由政策做出了当时最为全面科学的解释。他明确区分了宗教和迷信的区别，提出了“宗教是迷信，但并不是一切迷信都是宗教”的创新性观点。牙含章还是当代中国无神论史研究的主要奠基者之一，他富有洞见地提出在研究这一问题时务必要十分注意的三个重要问题。再次，在兼具民族政治和宗教问题研究的藏学研究方面，牙含章对西藏社会的演进历史、农奴制度以及喇嘛教问题做了全面深入的研究。他通过对西藏社会演进历史的梳理，充分论证了中国对西藏自古以来的主权，总结了中央政权治藏的历史经验。同时他还分析了西藏农奴制度对西藏人民进行剥削的方式、特点和影响，深刻批判了喇嘛教在历史上对西藏社会发展造成的负面作用。他撰写的《达赖喇嘛传》《班禅额尔德尼传》是认识藏传佛教和西藏社会的重要文献。总之，牙含章在民族政治和宗教问题方面的丰富学术思想对于后学研究者具有重要的启迪意义，值得全面深入地梳理和研究。