新刑诉86条、269条明确了检察院审查批捕时的讯问程序，从而将审查批捕由双方结构扩展成控辩裁三方结构，但是这与1997年台湾地区羁押审查制度改革的性质上却有实质性的差别。大陆只是检察机关对侦查监督工作方式的改良，而台湾地区则是涉及检察、法院两个系统的权力移转，故而，大陆审查批捕改革属于诉讼化改革，而台湾地区则属于司法化改革。除改革性质的差异外，两岸在审查逮捕1程序在裁判中立性、控辩对等性方面都存在绝大差异。而造成差异的主要原因一是台湾地区司法独立性强，尤其是法官，不仅采行的是区别大陆的法官个人独立，并且其身份保障和职务晋升在“宪法”、“组织法”上都有明确规定，各级法院财政由中央统一调配，检察官独立虽不较法官为严格，但除受检察一体和法务部的一般性制约外，诸如身份保障之类亦如台湾法官，故远较大陆为独立。二是台湾地区羁押审查改革以彻底的民权保障为导向，故而在羁押审查过程中，赋予被告人及其辩护律师以充分的抗辩权力，要求提请申请的检察官严守客观中立，要求刑事警察受检察官的领导监督，严格规制侦查手段，采行法官保留原则，要求法官执行听审原则，羁押审查须为开庭审理。而大陆在审查批捕改革过程中最直接的目的乃是加强侦查监督，是对大陆检察机关作为法律监督机关理念的践行，因而，在新刑诉修改过程中一方面设置检察机关在批捕程序中的提审，另一方面又不断扩充公安机关自主自决的强制性侦查手段，这也充分说明了大陆当前司法改革仍徘徊在人权保障与打击犯罪之间，犹疑不决。另外，过分强调检察机关的法律监督性质事实上已造成对民权保障的妨碍。三是两岸司法改革的推动力量不同，台湾地区由于政治体制的开放，大量采行“自下而上”的改革方式，而大陆则由于民间组织的疲软，总体上采行“自上而下”的改革方式。这也导致台湾地区不论在改革进程、改革成果上都要优于大陆。针对这些问题，大陆方面应当在大的政治框架下不断反思，消除改革阻力，首先应当对检察机关长期以来的错误定位进行反思，以台湾地区检察制度为参照，以民权保障为根本出发点重新确立检察定位。其次是在承认当前大陆社会现状的前提下，坚持加强和完善顶层设计和地方先行先试，力图改良。