随着电子技术的快速发展，电子设备朝着高频率、高集成度方向发展的同时结构也变得愈发复杂。并且在电磁环境变得日益复杂的情况下，对高频电子设备进行电磁兼容仿真分析是非常必要的。但是由于复杂的结构和较高的工作频率，给实际仿真中带来了许多难题，如模型复杂导致网格数过多而无法仿真实现等。因此，本文首先分析了电磁干扰的耦合机理，并基于电磁干扰耦合机理的理论，对影响高频电子设备电磁兼容性的主要结构因素进行了理论分析。其次通过对高频电子设备中通风孔洞（孔阵）、复杂细小结构的电磁兼容性仿真分析，得出高频电子设备复杂结构等效简化的方法。通过某高频电子设备结构等效简化前后仿真结果的对比，检验了该方法的准确性及合理性。最后基于复杂结构的等效简化方法，针对高频电子设备内部为保护敏感器件而采用双层屏蔽体的情况，本文建立了双层屏蔽体的结构简化仿真模型，通过软件的协同仿真实现了电磁干扰经双层金属屏蔽体的孔洞（孔阵）、线缆耦合进屏蔽体内部的二次耦合场强、线缆二次耦合量的计算，分析总结出设备内部器件和线缆合理布局的相关建议。