棉花黄萎病是影响棉花生产的最重要因素之一,该病的发生程度在棉花单株间存在差异,这种单株之间发病程度不均匀性的形成原因目前尚不清楚。本研究采用盆栽单株棉花,接种等量大丽轮枝菌,结合枯草芽孢杆菌处理和病圃地为正负对照,探讨盆栽土壤里不同时间病原菌的含量与其植株发病程度的关系。提取土壤有机体DNA,利用特异引物qPCR分析土壤中的大丽轮枝菌含量,并用水洗涂布菌落计数结合PCR鉴定来验证土壤中病原菌的含量,然后检测不同发病程度棉花植株生理指标,研究棉花发病程度与各生理指标变化之间的联系,阐明不同发病程度对棉花植株产量和品质的影响。结果表明:（1）等量接菌的盆栽土壤大丽轮枝菌含量在不同时间点之间存在显著差异,总体呈现上升趋势;同一时间点盆栽土壤含菌量的变化也是呈现明显差异,尤其是后期的时间点差异尤为显著;同时盆栽苗的发病程度在单株间也存在显著差异;协方差分析发现盆栽棉花单株的发病程度与土壤里大丽轮枝菌的含量呈现显著的正相关关系;枯草芽孢杆菌处理和病圃地土壤大丽轮枝菌含量的分析也证实了棉花单株发病程度与土壤里的病原菌含量呈正相关;随着大丽轮枝菌的侵染加剧,植株发病程度增加,植株体内胼胝质含量也增加;大丽轮枝菌侵染对棉花幼苗叶中胼胝质的积累随着发病等级的提升存在显著性的差异,这也证明大丽轮枝菌的含量会影响棉花植株的发病程度。（2）通过分析,随着棉花发病程度的提升,可溶性糖、可溶性蛋白、淀粉含量、超氧化物歧化酶（SOD）活性、过氧化物酶（POD）活性、苯丙氨酸酶（PAL）活性和总酚均会呈现出由升到降的变化趋势。（3）棉花单株产量和质量会随着棉花植株发病程度上升而减少。总的来说,本研究结果揭示棉花单株之间发病不均匀的主要原因是由土壤大丽轮枝菌菌量决定的,棉花在病菌侵染植株的过程中,病原菌与植物免疫反应具有一定的关系,棉花植株自身的生理防御反应和抗黄萎病发病程度具有一定的相关性。通过检测不同发病程度棉花植株生理生化指标含量,发现棉花发病程度影响着棉花生理指标的变化。结合生产调查不同发病程度对棉花植株产量和品质的影响,得出结论在生产中采取一定的措施保护相应指标的变化,在病情级别较低的情况下,提前预防有助于防止病情的扩展。