“重发证,轻监管”是当前排污许可制度实践中普遍存在的现象,截至2020年12月底,我国32个省市已经全面完成固定污染源的排污许可证核发工作,接下来的工作重点应当是对已经申领排污许可证的生产经营者进行监管,监督其是否按照排污许可证的要求排放污染物,是否承担起环境保护的责任;此外,还要对监管部门的监管执法工作进行监督,监督其是否履行监管职责,做到有效监管。本文从立法和执法两个方面对过去四十年排污许可制度运行监管进行梳理,发现随着时代的变化,在功能定位、监管主体、监管方式、监管内容等监管要素上发生了巨大的变化,如功能定位从实现污染物排放总量控制变为固定污染源环境管理核心制度,监管方式从无公众参与到现在社会公众可以参与监管排污单位的排污行为,从分散监管到现在的一证式监管、综合治理,排污许可制度运行监管在这四十年间不断完善、不断向前发展;在实践中很多省市已经开始利用“大数据”、“互联网+”、“无人机”等先进技术对排污单位的排污行为进行监管,这样不仅提高了监管的效率和质量,还节约了人力、物力资源,做到高效监管。这些变化对改善环境质量,治理污染不可或缺。虽然排污许可制度运行监管在立法和执法方面取得了不错的成就,然而,其也存在不少问题,包括县级生态环境主管部门和环境执法机构监管执法缺乏法律依据、监管内容覆盖范围较窄、社会监督程序性保障缺乏、他律监管模式存在缺陷、与其他环境法律制度无有效的衔接等。通过分析问题产生的原因,结合国家和地方的立法与执法经验,建议从以下几个方面加以完善:赋予县级生态环境主管部门和环境执法机构监管的权利,使其具有监管执法的法律主体资格;强化社会监督程序性保障,明确监管主体办理举报的工作流程,保障举报人的人身权益不受侵害;扩大监管内容的范围,使其逐步覆盖所有污染源;将自律监管模式与他律监管模式有机结合,弥补他律监管模式存在的缺陷,提高监管效率和质量;加强与环境信息公开制度等其他环境法律制度的衔接,突出其在其他环境法律制度中的核心地位。