基因网络作为一种系统的、定量的研究方法正在受到重视，该方法建立在分子生物学、非线性数学和信息学等多学科交叉的基础上。利用基因芯片来研究基因网络的非线性行为特征是研制基因网络技术的基础。Tup1基因是酵母中作用最为广泛的转录抑制因子之一，通过查找酵母生物信息学数据库中蛋白相互作用关系，构建了一个以Tup1为中心，4个层次包括741个基因的局部基因网络。统计分析六张Tup1不同突变的基因表达芯片数据，分析表达变化上下调倍数大于2的基因并进行统计；基因按照是否必需性、网络中的结构层次位置、节点数以及基因所处位点等信息进行聚类。将局部基因网络中的全部基因按照网络特征进行分类统计分析：必需＼非必需基因、网络层次、网络节点和基因位点，并研究这些基因的网络特征与网络中节点表达变化之间非线性的关系。　　 有225个基因在突变前处于抑制状态而突变后发生明显解抑制。(1)必需基因的平均表达变化程度较非必需基因低，表达较为稳定，必需基因在网络中的节点数大，“连通性”也相对较高，对网络中的调控影响也较大；(2)在局部网络中，基因的调控是分层次的，位于网络中心的基因层总体表达变化要比外层较大；(3)基因表达变化的强度与节点数目在节点数较小(1-5)的范围内成一定的反比关系；(4)表达变化较大的基因分布，在网络结构中的分布并较为散乱，但是在染色体位点上的分布却较明显的向染色体的端点集中；(5)ⅩⅢ染色体的基因在Tup1删除突变中表达规模性下调，Tup1在正常生长状态下可能对ⅩⅢ染色体起到激活作用，这与大多数基因受到抑制相反。