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本文通过土壤盆栽试验，采用RT-PCR研究水稻化感强度不同的品种酚酸类主要相关基因表达的差异，分别采用平板培养法、Biolog和PCR-DGGE方法以及克隆、测序技术研究四个水稻品种根际土壤微生物群落结构和功能的特征，以及信号物质(JA、SA)诱导对其影响，进而探讨根际土壤微生物群落结构与水稻化感作用间的关系。主要研究结果如下：
两个强化感水稻品种(PI312777和TaichungNative1)酚酸类主要相关基因的表达及其对信号物质JA和SA诱导的响应不同。PI312777的PAL和C4H基因的表达量均很高，但TaichungNative1仅C4H基因较高。JA增强了PI312777的PAL和DFR,降低了C4H的表达；但均降低了TaichungNative1上述三个基因的表达。SA增强了TaichungNative1三个基因的表达，但只增强了PI312777的PAL和C4H两个基因。
两个化感品种(PI312777和TaichungNative1)与中化感品种(AUS196)和弱化感品种(华航1号)根际可培养微生物数量、革兰氏阴性细菌功能多样性和细菌与真菌种类构成均有差异。PI312777特有的细菌条带与降解芳香族化合物相关的鞘胺醇杆菌Sphingobactersp.属/拟杆菌Bacteroidetesbacterium的同源性达97％以上。PI312777和TaichungNative1都有，但华航1号和AUS196均没有的条带分别与不可培养细菌cloneA08-2和跟嗜甲基降解有关的鼠孢菌属Sporomusasp.的同源性为100％和93％。PI312777和TaichungNative1特有的两个真菌条带分别与Conidiobolusbrefeldianus和Pseudodifflugiacf.gracili同源性达99％和98％，华航1号和AUS196特有的两个真菌条带分别与Aporcelaimelluscf.paraobtusicaudatus和Powellomycessp.的同源性为98％和99％。同时，TaichungNative1特有的真菌条带与不可培养的真菌PFA12AU2004的同源性为96％。
信号物质JA和SA诱导对PI312777、TaichungNative1、华航1号和AUS196根际可培养微生物数量和革兰氏阴性细菌功能多样性的影响不大，但对细菌与真菌种类构成有一定的影响。PI312777品种JA和SA处理后根际Bacillussp.，梭状芽孢杆菌Clostridiumsp.和Clostridiumsp.三个细菌条带消失，新增两个真菌条带，分别与Monosigaovata和Thelebolusellipsoideus/Hyphozymavariabilisvar./Spiromastixgrisea的同源性为93％和94％。TaichungNative1品种JA和SA处理后新增细菌为UnculturedbacteriumcloneLJ3、Verrucomicrobiaebacterium，但Sporosarcinasp.和能分解纤维素的梭状芽孢杆菌Clostridiumsp.消失，真菌Conidiobolusbrefeldianus、Sphaerothecumdestruens和Mortierellachlamydospora也消失。
本研究结果证实，生测筛选为强化感的水稻品种PI312777和TaichungNative1酚酸类主要相关基因的表达不同，根际土壤微生物群落结构和功能特征也存在差异。PI312777和TaichungNative1酚酸类主要相关基因表达对JA和SA诱导的响应不同，根际土壤细菌和真菌群落的变化也不同，这种变化与水稻化感物质活性的关系有待进一步进行田间试验验证。