随着社会的高速发展，基层权力与分工都更加的具体化和专业化，各类社会问题也变得更加错综复杂，单一部门很难应对，必须通过多部门联合执法。目前，我国正处于大部制改革的关键时期，在新的行政体制下，实现政府部门的高效运转，健全跨部门的合作成为了改革的一项重要内容。且纵观国际上大部制改革的经验，改革实实在在地减少部门的数量，改善部门之间由于职能交叠不清，而相互推诿的状况，切实减少了行政资源浪费，提高政府部门的行政效率。
　　然而大部制改革后产生新的部门边界，亦会产生新的政府间关系的矛盾；部门之间的执法关系协调问题被忽视，继而产生新的冲突，导致部门执法合作上问题频发。
　　因此，本文在已有的研究基础上，从部门执法合作的基本理论出发，以A市B区牲畜屠宰管理执法为例，分析大部制改革前后部门执法合作的转变，并归纳概括出部门执法合作不足的表现，梳理大部制改革对各部门执法合作的状态的影响、对部门执法合作协调机制的影响、对部门执法合作主观意愿的影响。并结合影响部门执法合作的要素进行全面的成因分析，包括合作执法部门文化的缺失、合作执法部门利益博弈的权衡、中庸文化对合作执法理念影响三个内在因素方面，及执法合作部门设置局限性、合作执法协调机制不完善、部门改革的缺失三个外在因素方面进行分析。
　　本文提出以下治理对策：一是科学整合、细化标准，明确执法部门职责体系。二是融合兼顾、统一标准，优化部门执法合作机制。三是统一规划，灵活模式，搭建信息共享平台。四是目标导向、打破边界，构筑执法合作执法文化体系。
　　本文在公共管理理论框架下研究大部制改革后部门间的执法合作，在研究视角和研究方法上有所创新，研究结论丰富基层执法部门之间执法合作的理论指导和实践指南。