【摘 要】
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随着微生物全基因组序列测定速率的加快,有必要开发和集成基于PC／Linux系统并以免费数据库管理系统、免费软件和公共数据库资源为主的基因组信息注释系统.为此,我们开发了微生
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随着微生物全基因组序列测定速率的加快,有必要开发和集成基于PC／Linux系统并以免费数据库管理系统、免费软件和公共数据库资源为主的基因组信息注释系统.为此,我们开发了微生物基因组注释系统（Microbial Genome Annotation Package,MGAP）.MGAP系统基于免费数据库管理系统MySQL并用Perl DBI作为应用程序接口.该系统由以下两个部分组成：（1）基因组注释数据库系统,该系统中整合了基因识别和功能预测等面常用序列分析软件和各种数据库,软件包括GeneMark、IPRsearch、BLASTPGP和FASTA3等,数据库有NCBI的NR蛋白库、COG、PDBseq和EBI的InterPro等;（2）基于Web的用户接口程序,包括基因组环状图展示、基因和ORF在染色体上的分布图,以及注释信息检索工具.MGAP系统已经用于蓝细菌Synechococcus sp.strain PCC7002的基因组注释.
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