【摘 要】
：
暗孢节菱孢菌[Arthrinium phaeospermum（corda）M.B.Ellis]是一种宿主多,分布广的世界性病原真菌,它既能引起植物致病,也能引起动物致病,因此,备受研究者关注。暗孢节菱孢菌AP-Z13引起的梢枯病造成撑×绿杂交竹在四川栽培区内大量枯死,造成巨大经济损失,极大地威胁着长江中上游地区开展的退耕还林工程和生态屏障工程的建设。本次研究采用高通量Illumina Hi Seq
论文部分内容阅读
暗孢节菱孢菌[Arthrinium phaeospermum（corda）M.B.Ellis]是一种宿主多,分布广的世界性病原真菌,它既能引起植物致病,也能引起动物致病,因此,备受研究者关注。暗孢节菱孢菌AP-Z13引起的梢枯病造成撑×绿杂交竹在四川栽培区内大量枯死,造成巨大经济损失,极大地威胁着长江中上游地区开展的退耕还林工程和生态屏障工程的建设。本次研究采用高通量Illumina Hi Seq 4000系统与Pac Bio RSII克隆测序平台相结合进行AP-Z13菌株全基因测序,利用不同公共数据库及相关软件进行基因预测和蛋白基因功能注释。对暗孢节菱孢菌AP-Z13进行全基因组测序和比较基因组学分析,旨在从基因含量、基因功能注释、次级代谢产物、共线性、蛋白家族、特有基因、基因富集、单拷贝基因以及系统进化等层面对AP-Z13菌株进行全面的研究。主要取得如下研究成果:1、通过全基因组测序与生物信息学分析发现,暗孢节菱孢菌AP-Z13基因组大小为48,449,939bp,Gap（N）为0个,共19个scaffold,N90片段长度1,931,147bp,GC含量53.05%。预测到19,836个基因,总长度为28,733,037bp,占基因组全长的59.30%;468个分散重复序列,总长为39,268bp,占基因组全长的0.08%,11,027个串联重复序列;288个t RNA,54个r RNA。其中,有18,071、11,451、19,131、15,565、6,559、1,917、3,611、9,050个基因分别能够在NR、Swiss-Prot、KOG、KEGG、GO、CAZy、PHI、Pfam数据库提取到注释信息。另外,有1,721个分泌蛋白、66个次级代谢产物合成基因簇。基因组测序数据已提交至NCBI,获得原始数据登录号为SRR7881020,基因组序列信息登录号为QYRS00000000。2、通过全基因组比较基因组学分析发现,AP-Z13与FO-v2、Aci Ta＿1、UCR-El、RN-2物种间存在较低的共线性关系;AP-Z13、FO-v2、UCR-El与RN-2物种间同源的基因29,549个,基因家族数为5,886个;AP-Z13菌株有9,686个特有表达基因和8,741基因家族。AP-Z13菌株中“代谢途径”富集特有基因最多,达697个,占总pathway注释差异表达基因（1311）的53.17%。AP-Z13菌株有2,513个特有基因显著富集到GO功能类别中,主要为生物过程分类中的“代谢过程”、“单细胞过程”、“细胞组分组织或合成”和分子功能分类中的“催化活性”与“结合”。通过单拷贝同源基因的进化比较分析,AP-Z13菌株与FO-v2菌株进化关系最近。通过Ka/Ks分析,AP-Z13菌株与FO-v2菌株中含3,560个单拷贝同源基因,其中有3,559个非同义突变,1,913个同义突变,另外,有2个基因受到强烈的正向选择,59个基因受到弱正向选择,331个基因受到负向选择的。通过简单重复序列（SSR）分析,AP-Z13菌株中SSR的单拷贝基因有425个,其中简单重复序列AGC/CTG与CCG/CGG频率最高。本研究是暗孢节菱孢菌第一次基因组规模组装和注释,也是Arthrinium的第一个测序物种。此次研究成果将为后续深入研究其致病机理、基因组学、转录组学、蛋白质组学、代谢组学和RNA组学,提供可靠数据和理论依据,有助于进一步的深入研究。
其他文献
四川省是我国马尾松地理分布的西缘,人工林分布面积已超过90万hm~2,但在川马尾松人工林存在纯林食物链结构简单,森林生态系统脆弱,难以培育成大径用材,严重制约着林业的可持续发展。因此,引入目标树经营来培育大径阶战略储备林,旨在调整林分结构,提升林分生产力和森林碳汇,在满足林产品品质提升等经济效益需求的同时,完善人工林生态服务功能,建立高质量多功能的人工林生态系统。本文以四川盆地东北部深丘区（平昌）
随着新型电力系统建设的推进，用户侧小型储能装置愈发受到重视，然而无序的充放电管理模式既给电网带来安全运行隐患，又造成资源浪费。基于此，提出一种通过储能聚合商云服务平台实现用户侧小储能装置联合调度的运行模式。建立了储能运营商、储能装置投资者和电网等各参与主体的最优运行模型，然后基于纳什均衡理论建立各参与主体在约束条件下的合作博弈模型。通过算例仿真分析，对模型求解得出最优共享储能定价方案。结果表明：多
元素防御假说认为重金属对病原菌具有一定的生物学毒性,当其被植物吸收并富集到体内后可以增强植物的抗病性。由于不同性别植株对重金属胁迫的耐受响应有一定差异性,因此在综合元素防御假说和雌雄植株对重金属胁迫的耐受性差异的基础上,本研究提出重金属在林木体内的富集可以增强林木的抗病性,且对不同性别植株抗病性的影响具有差异性这一假说。为了验证这一假说,本研究以雌雄美洲黑杨（Populus deltoides）为
珙桐（Davidia involucrata）是我国一级重点保护植物,也是研究第三纪古热带植物的重要样本;物种间功能性状的差异是生态位分化和物种共存的基础,而个体间差异是物种适应环境变化的重要手段;研究珙桐群落叶功能性状种间和种内变异对了解珙桐群落应对环境变化的适应性和响应机制有重要作用。本文调查了四川范围内18个区县具有代表性的珙桐群落,以群落中的乔木、灌木和草本（相对丰度之和＞85%）为研究对
欧李是一种集观赏、食用、药用等一体的应用价值极高的野生果树,且欧李的引种研究越来越受到科研学者的关注。本研究以山西省绛县生态苗圃引进的10个欧李品种为材料,研究了欧李引种到成都地区的物候期变化、生长状况、开花结实状况、果实产量、新梢与果实的动态生长、果实形态与口感、果实元素含量,植株的园林观赏性,比较10个欧李品种在成都地区的生长优劣,综合评价不同欧李品种的果实品质,筛选出果实品质和园林观赏性最好
本文章对柏木研究、榫接合性能研究、有限元法应用等方面做了总结与介绍,根据相关国家标准对试件进行加工和组装,形成以双圆棒榫连接的柏木斜接构件。将柏木斜接构件中圆棒榫的榫心距、直径、长度作为三个自变量,分别对不同水平的榫心距试件、直径试件、长度试件进行了极限抗弯强度和极限抗拔强度试验,并对收集的数据进行了整理分析和ANSYS有限元模拟验证。综合得出以下观点和结论:（1）适当减小两圆棒榫的榫心距,能使柏
几丁质酶可以随机水解几丁质中的β-1,4糖苷键,是几丁质降解酶。几丁质酶在植物病原真菌和害虫的生物防治方面有着广阔的应用前景,同时在贝类甲壳素废物的生物转化方面有着潜在的应用价值,因而受到越来越多的关注。目前国内外关于植物、动物、真菌等来源的几丁质酶基因的研究较多,但关于桑氏链霉菌（Streptomyces sampsonii）来源的几丁质酶基因的研究相对较少,这无疑限制了对桑氏链霉菌生防基因的开
核桃黑斑病是核桃属植物的一种细菌性侵染病害,主要危害核桃叶片、嫩枝和果实。核桃黑斑病发病严重时会导致核桃产量降低,制约核桃产业发展。目前选育推广抗病品种是防治黑斑病的最有效措施,而不同核桃品种对黑斑病的抗性存在差异,利用分子标记技术可以快速检测不同核桃品种对黑斑病的抗病能力,有利于提高选育和推广抗病品种的效率。本试验在不同抗病性核桃转录组测序的基础上,利用生物信息学分析筛选与核桃黑斑病相关的抗病基
自工业革命以来,受化石燃料的燃烧、化肥的生产和使用等人类活动影响,大气中活性氮浓度迅速增加,并不断向陆地和水生生态系统沉降。我国所在的东亚地区已成为继欧洲、北美之后的第三大氮沉降区。过量的大气氮沉降正深刻的影响着森林生态系统。土壤动物作为森林生态系统物质循环过程的主要参与者,对氮沉降的响应十分敏感。然而目前的研究主要关注土壤中的动物,而凋落物分解过程中土壤动物对氮沉降响应的研究还相对缺乏。这极大的
随着我国高铁定价市场化改革在加快推进，为进一步提高高铁定价的灵活性与竞争力，本文基于航空和铁路海量定价历史数据，分析了航空与高铁客票的定价策略，并用灰色相关模型计算各因素指标与定价之间的关联程度。建立了一个考虑旅客购票选择多影响因素下神经网络定价模型，采用遗传算法对BP算法的初始值和阈值进行了改进，利用航空订票数据集对神经网络进行训练和验证，结果表明神经网络可以较好的映射航空票价随多影响因素而不断