论文部分内容阅读
目的:分选蛋白27(Sorting nexin 27,SNX27)是分选蛋白家族的成员之一,在它的N端有一个独特的PDZ结构域,该结构域可与含有C端1类PDZ结合结构域(PDZ-bm)的蛋白相互结合,SNX27在不同肿瘤细胞中通过结合不同的蛋白,以及在不同肿瘤细胞的表达水平不同,赋予了SNX27在不同肿瘤细胞中的不同功能,提示SNX27在肿瘤发生发展过程中的作用可能存在较大的差异性。SNX27作为细胞内分选蛋白,可以结合Fzd7(Frizzled 7)调控Wnt/β-catenin信号通路,调控T细胞特异性转录因子7(T-cell specific transcription factor 7,TCF7)和淋巴样增强因子1(lymphoid enhancer binding factor 1,LEF1)的转录活性。TCF7和LEF1,作为CD8+T细胞中表达的干细胞相关转录因子,在调节CD8+T细胞功能和分化发挥重要作用。SNX27结合甘油二酯激酶(diacylglycerol kinase,DGK)ζ可以调控T淋巴细胞的转录和代谢,可能对肿瘤的免疫治疗的疗效和生存结果具有一定影响。本研究旨在进一步探讨SNX27在肝癌和皮肤癌等肿瘤细胞中的作用差异性,并搜寻SNX27调控的下游基因以构建标志物模型,用于肿瘤免疫治疗的疗效观察与生存结果的预测。方法:利用分子克隆技术构建过量表达SNX27的表达载体;以人肝癌细胞系HepG2和人皮肤鳞癌细胞系A431为研究对象,通过转染技术和流式细胞分选技术获得过量表达SNX27的HepG2/SNX27细胞和A431/SNX27细胞;通过EDU掺入实验观察细胞的增殖能力;利用细胞划痕实验和Transwell实验检测细胞的迁移能力和侵袭能力;利用蛋白免疫印迹(Western Blot,WB)和免疫组织化学法(Immunohistochemistry,IHC)检测SNX27的蛋白表达水平细胞和组织中的表达水平。从TCGA数据库下载转录组谱和临床数据,利用多变量Cox回归分析的方法,建立四个基因(CD8A、CD8B、TCF7和LEF1)组成的标志物模型,用于预测多种肿瘤的免疫治疗后的生存结果。这些肿瘤包括:乳腺癌(breast cancer,BRCA)、皮肤黑色素瘤(skin cutaneous melanoma,SKCM)、低级别胶质瘤(lower grade glioma,LGG)、肾乳头状细胞癌(kidney renal papillary cell carcinoma,KIRP)、直肠腺癌(rectum adenocarcinoma,READ)、肾透明细胞癌(kidney renal clear cell carcinoma,KIRC)、甲状腺癌(thyroid carcinoma,THCA)、肝细胞癌(liver hepatocellular carcinoma,LIHC)、肾上腺皮质癌(adrenocortical carcinoma,ACC)和葡萄膜黑色素瘤(uveal melanoma,UVM)。R包estimate用于计算每个患者的免疫评分。利用用免疫评分代表免疫浸润水平,研究四个基因组成的标志物与免疫浸润水平之间的相关性。来自R包IMvigor210Core Biologies的使用阿他唑珠单抗(atezolizumab,一种抗PD-L1药物)治疗的转移性尿路上皮癌(metastatic urothelial cancer,m UC)患者的数据来验证四个基因组成的标志物是否与免疫治疗应答相关。结果:在探讨SNX27对肿瘤细胞生物学行为的影响中,我们证实:过量表达SNX27对HepG2细胞的增殖有促进作用,对A431细胞的增殖没有影响;对A431细胞的迁移能力有促进作用,对HepG2细胞的迁移没有作用,对A431细胞和HepG2细胞的侵袭能力都有促进作用;SNX27过量表达之后,A431细胞和HepG2细胞中E-cadherin蛋白表达量均下调,Vimentin的蛋白表达量均上调。SNX27作为细胞内非常重要的分拣蛋白之一,参与调控多种蛋白之间的相互作用。生物信息学分析发现在葡萄膜黑色素瘤患者中,肝和脑正常组织中,SNX27的表达量与CD8A,CD8B的表达量有显著相关性。因此,在寻找SNX27调控下游重要基因对肿瘤免疫治疗的疗效及其生存结果预测的研究中,我们搜寻到四个基因包括CD8A、CD8B、TCF7和LEF1。由此建立了(CD8A、CD8B、TCF7和LEF1)四基因组成的标志物模型。(CD8A、CD8B、TCF7和LEF1)四个基因模型可以用于预测包括乳腺癌等在内的11种不同肿瘤患者的生存结果。通过R包estimate计算的免疫评分显示,四个基因组成的标志物模型与免疫浸润水平显著相关。此外,这四个基因组成的标志物模型可以预测转移性尿路上皮癌患者对阿他唑利珠单抗免疫治疗的反应。结论:SNX27在人肝癌细胞HepG2和人皮肤鳞癌细胞A431的增殖、迁移等作用存在差异性;但能够增加两种肿瘤细胞的的侵袭能力,这可能与EMT(epithelial mesenchymal transition)的发生有关。成功构建了CD8A、CD8B、TCF7和LEF1等四个基因组成的标志物模型,可以有效预测包括肝癌和皮肤癌在内的11种肿瘤患者免疫治疗后生存结果。