乳腺癌是全世界范围内最常见的恶性肿瘤之一,浸润性导管癌（Invasive ductal carcinoma,IDC）和浸润性小叶癌（Invasive lobular carcinoma,ILC）是两种最常见的乳腺癌组织亚型。目前乳腺癌的治疗仅以其分子分型作为参考,不同组织亚型的乳腺癌均被采用相同的治疗方案进行处理,这导致不同组织亚型乳腺癌患者的预后情况和五年存活率出现差异。本研究旨在通过综合蛋白质组学和磷酸化蛋白质组学分析的方法,深入探讨乳腺癌在同一分子分型条件下,导管癌和小叶癌这两种组织亚型之间的分子特征、功能通路及磷酸化修饰差异,为乳腺癌的快速诊断与针对性治疗提供参考。首先,分别从配对的导管癌和小叶癌组织样本中获得具有Luminal A分子分型（雌激素受体和孕激素受体阳性,HER-2受体阴性）的特殊癌症组织和非癌症邻近组织（Noncancerous Adjacent Tissues,NAT）样本。使用非标记定量（Label Free）的蛋白质组学和磷酸化蛋白质组学方法检测乳腺癌组织和NAT之间的蛋白质表达以及磷酸化修饰,并使用多种分析工具进行结果的标准化、可视化及生物信息学研究。完成包括蛋白质表达水平和磷酸化修饰程度的差异分析以及蛋白质的功能与通路分析,结果显示从乳腺癌组织中共鉴定出高置信度的5044种蛋白质和3808种磷酸化修饰蛋白质。磷酸化蛋白质组学鉴定到的结果显示,在小叶癌组织中鉴定到的磷酸化蛋白质数目显著高于导管癌组织。通过对组织样品中已鉴定到高置信度的1259种蛋白质和560种磷酸化修饰蛋白质的定量分析,发现组蛋白H1.10、补体蛋白C4-B和CRKL蛋白这三种蛋白质在两种组织亚型的乳腺癌中存在显著的差异表达。同时,发现根据隔膜蛋白2、隔膜蛋白9、异质核核糖核蛋白A1和驱动结合蛋白等这几种蛋白质的表达水平差异及磷酸化修饰差异能够更加显著地将二者区分开来。对差异蛋白质的功能富集分析发现小叶癌中的蛋白质与PI3K-Akt信号通路和ECM受体通路关系更为密切,这些功能与小叶癌的易转移性相关。此外,导管癌中的差异表达蛋白和差异磷酸化修饰蛋白主要富集到细胞能量代谢和线粒体相关通路,这与导管癌的肿瘤级别较高相关。同时,利用检测到的磷酸化信息进行激酶-底物富集分析（Kinase-Substrate Enrichment Analysis,KSEA）,研究并揭示导管癌和小叶癌之间的激酶激活状态及激酶的归属差异,最终对已获得的所有数据进行对比,KSEA分析的结果显示小叶癌相关激酶与AGC组的关系更为密切,而来自导管癌的激酶主要在CMGC组中被显著激活,二者具有显著的偏好性。这些结果代表导管癌与小叶癌的相关分子功能,通路及激酶均存在差异。结论:本研究为导管癌和小叶癌这两种乳腺癌组织亚型的分子特征和功能差异提供了独特见解,并有助于发现用于进一步药物开发和靶向治疗的新靶点。