骨关节炎（osteoarthritis,OA）是一种退行性疾病,是在机械因素和生物因素相互共同作用的条件下,从而使关节软骨细胞、细胞外基质、软骨下骨的合成和降解的动态平衡被打破的结果。常见于发生在老年人中,女性多于男性,具有较高的致残率,而且治疗费用高,严重影响了患者的生活质量。随着人口老龄化的加快,骨关节炎的患病率逐年升高,而随着年龄的增长,骨关节炎的患病率也会随之升高。骨关节炎的主要特点是软骨的逐渐退化,并伴随一定的炎症反应,属于一种复杂性疾病,其发病原因、影响因素复杂,是制约其复方药设计的一个难题,本论文在骨关节炎疾病相关蛋白系统分析的基础上,提出基于靶点的骨关节炎复方药设计方法,从靶点组合的角度提出了药物设计的策略。首先,根据现有临床数据得出人体内与骨关节炎相关的疾病相关蛋白。然后,将当前用于治疗骨关节炎的药物的作用机理进行解析,得到从药物-靶点-体内过程-疾病相关蛋白-疾病的解析结果。第三,将所得到的结果进行网络可视化,逐一阐释药物进入体内作用于对应的药物靶点,再参与到体内过程的完整机理,包括涉及到的蛋白质、小分子,以及作用于与骨关节炎相关的一个或几个疾病相关蛋白,从而得以系统分析药物对骨关节炎产生影响。骨关节炎的单一药物来治疗作用靶点单一,效果不理想。本论文提出“化药药对”的概念,从而可以涵盖更多的靶点,将之前得到的单个化学药的作用机理解析网络两两进行合并,可以得到两个药物作用时它们之间的关系,将得到的所有结果按照治疗效果进行分类,分析不同配伍形式的“化药药对”。骨关节炎作为一种复杂性疾病,不同患者在患病时涉及到的靶点也不尽相同,可以根据靶点组合的化药药对来对不同的患者进行给药治疗。将目前上市的36种治疗骨关节炎的化学药物、药物作用靶点、药物在治疗骨关节炎在体内的作用关系网络以及与骨关节炎疾病相关的全部蛋白进行合并,得到一个当前治疗该疾病的药物-疾病作用关系网络,并对网络进行可视化分析,可以更直观的看到每个药物在治疗骨关节炎方面的作用机理以及药物之间潜在的相互作用关系。本论文以实体语法系统为指导,以目前上市的骨关节炎药物、药物靶点、疾病相关蛋白为研究对象,并在中药药对的基础上提出了“化药药对”的概念,探索了上市药物之间相互作用的关系。通过实体语法系统构建药物靶点-疾病之间的网络模型,使药物作用的过程更清楚的得到展示,为治疗骨关节炎的药物设计提出了新的方法,也为临床用药和药物功效的分析提供了新的思路。