自2001年中国加入世界贸易组织以来，中国企业飞速发展，企业为了缓解融资上的约束，建立起类似于金字塔样式的股权结构，通过塔内企业正常关联交易解决融资困境，提高企业抗风险能力。随后，普遍出现“系族”、“一控多”及“企业系”等金字塔控股企业，利用金字塔结构控制底层公司。一方面，金字塔股权结构的建立能够充分利用企业集团，满足内部融资配置的需要。解决了企业融资上的困难，促进资金的合理运用，提高了企业风险抵抗能力。另一方面，金字塔股权结构导致了最终控制人的现金流权与控制权的分离，现在企业产权理论认为，企业的产权结构要保持剩余索取权与剩余控制权相协调，不要使两权发生重大差距。两权分离就会引起最终控制人为了自身利益而损害底层上市公司与中小投资者利益，降低企业风险抵抗能力，不利于底层公司的发展。另外企业的发展本质上体现在企业创新能力的竞争。对于企业来说，企业创新就需要加大创新研发投入，作为微观主体的企业是什么促进它要加大创新上的投入？
　　本文以委托代理理论和创新理论作为理论基础，通过考察金字塔股权结构与企业创新投入的关系以及风险承担在其中的作用，对企业创新过程进行了全面的分析。以2007-2017年A股上市公司作为研究样本，建立多元线性回归模型进行实证检验。研究发现:(1)金字塔股权结构中现金流权与控制权越大表明上市公司对最终控制人越重要，因此最终控制人会为了企业的长远发展，为企业提供更多的支持，提升了企业风险承担水平，加大了企业创新投入的力度，以期待从产品升级换代中获得巨大收益。(2)两权的分离度却抑制了企业的创新投入与风险承担水平，这主要是因为两权的分离会导致最终控制人的利益攫取行为并不能够支持上市公司的发展，致使风险承担与企业创新投入均降低。(3)通过Bootstrapping法进行中介效应检验，发现风险承担通过了最终控制人现金流权和控制权与企业创新投入的中介效应检验。表明最终控制人现金流权和控制权影响企业创新投入的过程中，有一部分首先影响到企业风险承担水平大小，继而由风险承担再传导到企业创新投入。
　　根据实证分析，本文提出以下政策建议:(1)加大企业创新投入力度，制定创新发展战略。(2)要建立高现金流权、高控制权与低两权分离度的两高一低股权结构。(3)加强股东监管机制，充分披露上市公司的信息，提高信息披露质量。