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培育水稻粳型亲籼系是克服水稻籼粳亚种间的杂种不育性，实现籼粳亚种间杂种优势利用，促进水稻产量进一步提高的一条有效的途径。本研究对本实验室新选育的42个待测粳型亲籼系进行了粳型性和亲和性鉴定，得到一批符合标准的粳型亲籼系；利用4个籼稻品种明恢63、华1号、IR58025B和9311与3个粳稻品种Lemont、皖恢9号和滇粳优1号为杂交亲本，以粳稻品种为轮回亲本，分别构建杂交与回交分离群体，通过连续多世代分子标记辅助进行前景选择和背景选择，并结合表型选择，在F5和BC1F4得到一批可高效选育粳型亲籼系的中间育种材料。具体结果如下：
⑴选用均匀分布于水稻12条染色体上的100对SSR引物对42份待测粳型亲籼系进行PCR扩增，从中筛选出具有多态性的引物88对，共检测到297个等位基因，平均每对引物检测到3.28个等位基因，变幅为2—7个。引物多态信息含量(PIC)平均为0.51，表明供试材料具有较丰富的遗传多样性。
⑵利用88对SSR标记多态性分析的资料，分别采用聚类分析、Dj值分析和Rj值分析3种不同的统计方法对42个待测粳型亲籼系进行粳型性鉴定。按照Dj值分类法的标准，从待测粳型亲籼系中鉴定出18个偏粳型性材料，其余24个均为偏籼型材料。利用4个籼型测验种和4个粳型测验种对13个偏粳型待测粳型亲籼系进行了亲和性鉴定。结果表明，13个材料中有2个材料没有达到亲和性的标准；达到亲和性标准的11个粳型亲籼系中，有5个为偏粳型特异亲籼系，6个为偏粳型广亲和系。
⑶通过杂交亲本间的多态性分析筛选出与S—b座位紧密连锁的分子标记PSM9和RM13，与S—c座位紧密连锁的SSR标记RM7和RM251，与S—d座位紧密连锁的SSR标记PSM93、PSM13、PSM27和RM84，与S—e座位紧密连锁的分子标记PSM599和PSM650共10对SSR标记用于育种分离群体对4个F1花粉不育基因进行分子标记辅助前景选择。选择均匀分布于12条染色体上的100个SSR标记对前景纯合单株进行背景选择，经过多世代连续选择，从F5和BC1F4群体中鉴定出29份在4个F1花粉不育基因座位上均携带籼型亲本等位基因，而在背景上携带较大比例粳型亲本等位基因的材料。
⑷比较组合9311/滇粳优1号杂交分离群体和回交分离群体背景的粳籼比值，结果显示，随着世代的增加，杂交分离群体和回交分离群体背景的平均粳籼比值变化趋势没有明显的规律，但与相对应的杂交分离群体的粳籼比值相比，回交群体的遗传背景粳籼比值更高。因此，低世代用粳型亲本进行一次回交，可获得更多粳型后代。