由于渔业资源过度捕捞、环境污染、病害、商业捕鲸等原因，鲸类动物正遭受严重威胁，其种群保护也随之成为了人们关注的热点。水族馆是鲸类动物饲养和展示的主要场所，同时也是繁殖保护和科普教育的重要场所，因此水族馆在鲸类动物保护方面有着重要的作用。据不完全统计，我国水族馆豢养有至少3种100头以上的鲸类动物，在鲸类动物迁地保护方面具有一定的优势。尽管如此，人们却还未曾对这些动物的背景资料和遗传信息进行深入的探讨。　　 本研究以国际物种信息系统(ISIS)动物资料记录标准为依据，于2006年12月至2009年5月对我国水族馆豢养的鲸类动物历史资料和现状做了系统调查。根据调查结果确立了本研究的主要对象为瓶鼻海豚(Tursiops truncatus，以下简写为TT)、南瓶鼻海豚(Tursiops aduncus，以下简写为TA)和白鲸(Delphinapterus leucas，以下简写为DL)。基于对以上三种动物的线粒体DNA(mtDNA)和微卫星DNA(SSR)遗传变异的分析，探讨了这三种鲸类的遗传多样性和遗传结构。通过微卫星数据，对不明父亲的幼体进行了亲子鉴定。综合调查结果和亲子鉴定结果构建了这三种动物的谱系簿，并提交ISIS数据库，共享动物信息。本研究的主要结果如下：　　 1.中国水族馆历史上先后饲养过10种鲸类动物，共计236头。截止2009年5月，剩余9种，184头，其中以TT(现存80头)、TA(30头)和DL(32头)数量最多，且短时间内动物数量还会增加。根据2007年ISIS的物种报告显示，中国豢养的鲸类动物超过其它ISIS会员国的数量。TT和TA在人工环境中繁殖成功，年存活率分析表明中国水族馆鲸类动物饲养技术已经极其接近世界一流水平。　　 2.mtDNA分析显示，豢养TT的遗传多样性水平(π=0.0188，h=0.969)与野外种群相当，TA的遗传多样性水平(π=0.0129，h=0.933)略低于野外种群，而DL的遗传多样性水平(π=0.00278，h=0.787)则明显低于野外种群。基于SSR的分析得到了类似的结果，其中TT的平均观察杂合度(Ho)和期望杂合度(He)分别为0.539和0.748；TA的Ho和He分别为0.279和0.474；DL的Ho和He分别为0.470和0.579。　　 3.三个豢养种类在mtDNA层面均存在显著的遗传结构(TT：Fst=0.622；TA：Fst=0.553；DL：Fst=0.703)，TT和TA可分为三个亚群体，DL可分为两个亚群体。mtDNA的分析结果提示TT和TA可能有三种以上不同的来源地，DL可能有两种以上不同的来源地。　　 4.在核DNA层面，TT和DL群体存在显著的遗传结构(TT：Fst=0.058；DL：Fst=0.119)，TT可分为3个亚群体，DL可分为2个亚群体。TT群体(Fis=0.254，Fit=0.298，p<0.01)和DL-b亚群体(Fis=0.158，Fit=0.245，p<0.01)内存在明显的近交现象。　　 5.通过对13个微卫星座位的分析，成功鉴定了1头瓶鼻海豚和1头南瓶鼻海豚的父亲。　　 6.利用ISIS提供的动物信息记录软件ARKs和SPARKS，建立了三种饲养鲸类的谱系簿，并提交ISIS数据库。　　 本研究调查了中国水族馆豢养鲸类的种群现状，从mtDNA和核DNA角度分别评估了TT、TA和DL群体的遗传多样性和遗传结构，并建立了这三个物种的谱系簿。基于以上的结论，以最大限度保持物种遗传多样性为原则，最终为这三种鲸类的种群保护和人工繁殖计划等提供依据。同时通过ISIS国际数据库平台分享该信息，推进中国鲸类动物饲养保护计划国际化。