主权问题最重要的是设治驻军。清廷管理西藏地区,除了册封达赖、班禅两大系统,由理藩院组织年班朝觐等,更为重要的是在藏多次用兵、驻军以及派遣驻藏大臣,目的在于确保中央对西藏地方的主权。西藏驻军,大致分为藏兵、绿营兵和达木蒙古兵三部分,三者的粮饷来源、职责、驻防地点、换防方式等各不相同,但统归驻藏大臣调遣。3000名编制藏军,在乾隆五十七年（1793）《钦定藏内善后章程二十九条》中得到确立;1400余名汉兵则是在川藏沿线台站的基础上建立的,还有84名达木蒙古官兵常年驻守拉萨。上述兵员规模,一直维持到清末西藏编练新军之前。关于西藏驻军的日常操练,驻藏大臣常年进行两项工作,即前藏的春秋操阅和后藏三汛的巡阅。两位驻藏大臣均在拉萨办公,春、秋两季阅兵较方便,赏赐物品较丰厚,但存在夷情章京、粮员挪用借支官物行为;至于巡阅后藏,则有一套完整的文书报告程序,涉及具体行走路线、乌拉人夫的使用以及查阅边界鄂博堆砌情况等。高度格式化公文的背后,有着重要的象征性意义,即清政府在藏权力行使的边界,反映出驻藏大臣和达赖、班禅以及西藏噶厦政府与清廷的内在关系。道咸以后,西藏开始受到英印政府等外部袭扰。有鉴于此,驻藏大臣开始调整藏地边防,并对藏军营制章程多次进行调整。其中,1888、1904年英国两次入侵西藏,要求西藏开放亚东、江孜、噶大克等通商口岸,清廷趁此在亚东关设官驻军,并将藏军的布防重点由江孜南移到帕克里地区;1904、1910年十三世达赖喇嘛两次出逃拉萨,清政府派遣张荫棠、联豫整顿藏政,采取一系列措施以“收回治权”,尤其是采用西法编练新军,一定程度上巩固了清廷在藏主权,后因辛亥革命爆发而打断。