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作为世界四大粮食作物之一的马铃薯,块茎营养丰富,含有淀粉、糖类、蛋白质以及多种抗氧化剂,我国农业部更是在2015年启动了马铃薯主粮化的战略方针,凸显了马铃薯的重要地位。彩色马铃薯花色苷具有总产量高、抗逆性强、受环境影响因素较小、具有较好的光稳定性和热稳定性等优点。为丰富植物花色苷生物合成代谢调控机理、加速高花色苷含量的品种选育及其应用以及更深入的马铃薯花色苷合成调控过程提供基础。本文以紫玫瑰、红美、费乌瑞它三个品种为材料,从产量、品质、花色苷含量、花色苷合成相关基因表达等方面进行比较研究,主要研究结论如下:1、本研究选用红美、紫玫瑰、费乌瑞它三个品种在长沙、株洲的三个地区开展了品种比较试验,结果表明:红美、紫玫瑰平均产量为1444.7 kg·667m-2、1342.5kg·667m-2显著低于费乌瑞它的平均产量2012 kg·667m-2。同一品种不同试验点的产量差异不显著。不同试验点红美、紫玫瑰花色苷含量有差异,但不显著。储存对花色苷含量变化影响较小。高效液相色图谱分析结果表明,红美块茎花色苷提取溶液出峰时间分别为22.5min、23.5min、25.5min,其中23.5min为主峰位置,推测花色苷种类为天竺葵苷。紫玫瑰块茎花色苷提取溶液出峰时间分别为19min、21.2min、24.3min,其中21.2min为主峰位置,推测花色苷种类可能为矮牵牛花苷。在食味品质评比中,紫玫瑰食味品质高于费乌瑞它,花色苷对于食味品味没有太大的影响。2、在块茎形成期取红美、紫玫瑰、费乌瑞它块茎和红美匍匐茎,进行转录组测序,无参转录组拼接后得到一条总长为69060989的基因,每个样本的clean reads都在四千万条以上,差异表达基因有18167条。ZT与FT相比,显著上调3607个基因,显著下调2704个基因;HT与FT相比,显著上调2928个基因,显著下调3264个基因;HT与HS相比,显著上调3399个基因,显著下调5006个基因,得到共有的差异基因517个。KEGG Pathway富集分析表明,差异基因主要富集在两条信号通路ko00940（Phenylpropanoid biosynthesis）和ko00941（Flavonoid biosynthesis）中,其中FTvsHT、FTvsZT、HSvsHT分别有42、42、80个基因富集在苯丙烷生物合成,9、15、17、6个基因富集在类黄酮生物合成中。差异基因的TF家族等功能注释结果表明,FTvsHT、FTvsZT、HSvsHT分别有35、28、3个差异基因注释在MYB类转录调控因子基因中,有53、53、87个差异基因注释在bHLH类转录因子基因中。real-time PCR结果表明,紫玫瑰、红美块茎MYB-ETC1、MYB3、AN1、bHLH1基因表达量高,显著高于费乌瑞它块茎和红美匍匐茎,且倍数差异较大,可能参与马铃薯块茎花色苷合成的调控。