双核与单核铁中心介导的生物酶催化与化学反应机理的理论计算研究

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(Ⅰ)双铁加氧酶是一大类重要的可以活化氧气的双核金属酶。所研究的PhnZ是海洋微生物所利用的可以代谢有机磷(R)-2-氨基-1-羟基乙基膦酸为甘氨酸和无机磷酸的双核铁酶。是生物体在无机磷缺乏时,利用有机磷制造自己所需的无机磷。然而PhnZ如何催化氧化C-P仍是不清楚的。有人凭借它与MIOX同属HD蛋白,并且活性中心类似,配体配位在活性中心方式也相同,于是猜测其氧化C-P键机理类似MIOX氧化C-C键机理。利用混合量子力学/分子力学(QM/MM)方法揭示了PhnZ催化C-P键断裂的机理:(1)作为决速步的FeⅢ-超氧抓取α-氢原子;(2)过氧物种的生成;(3)O-O反常异裂,同时伴随Cα-P断裂、Ob-P形成,Oa-Cα形成;(4)磷酸酐水解得到甘氨酸和磷酸。我们的研究发现,组氨酸His62对代谢途中的过氧物种的O-O断裂模式有着关键性影响,在His62-H-OCα单元中,当His62保持自己的质子时,O-O反常异裂;相反,当His62对Cα-O给出质子形成Cα-OH单元时,O-O均裂。所发现的O-O反常异裂,是除了已知的均裂,和正常异裂外自然界中的第三种断裂方式,可以预见到它会在含杂原子(如硫,磷)的体系中的氧原子转移反应中有广泛的存在。  (Ⅱ)利用铁羰基化合物催化化学计量的芳香化合物C-H活化实现亚胺与外源炔烃得顺式3,4-二氢异喹啉是一种绿色、环保的反应,它显示出出色的原子经济性,并且该反应也不需要外部的碱,配体等。DFT计算采用单核、双核、三核铁羰基模型对反应进行模拟。计算表明,对比三种模型的能量曲线,综合来看能量最有利的是双核铁模型。反应过程中是先通过氧化加成完成C-H活化,底物之一的炔烃再配位到铁上。反应的决速步是双铁协同的H朝配位炔烃转移的过程。  (Ⅲ)CO2是造成温室效应的主要气体,而由于它的超稳定性而很难被活化,因此转化CO2是一类重要且很有吸引力的课题。通过激光烧灼可以得到可以将CO2转化成甲酸的高活性物种FeH-,利用高精度从头算方法确定了FeH-的电子亲和能,理论得到的亲核能和实验符合地非常好。并且通过高精度计算在DFT计算路径上提供了更加可靠的相对能量。计算表明FeH-可以热力学有利地还原CO2成甲酸。并且发现因反应路径上三重态能量很高因此是在五重态上发生。
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