我国地理标志主要是在商标法体系下进行保护。当含有地理标志的标识被注册或作为商标使用时,地理标志使用权和商标专用权容易产生冲突。主要表现为商标在授权、确权过程中与地理标志的冲突,以及商标在使用过程中与地理标志的冲突。其争议焦点集中在两方面,一是地理标志能否适用商标的近似性判断标准,以及地理标志的混淆可能性;二是使用地名的行为是否属于描述性使用,以及地理标志产品如果符合产地、品质条件但未获得授权的行为是否属于正当使用。地理标志使用权与商标专用权之所以产生冲突,从国际上看,是因为地理标志的概念演变过程复杂,经历了从“货源标记”到“原产地名称”再到“地理标志”等多个术语渐进式共存的演化历程;而以美国为代表的新世界国家和欧盟为代表的旧世界国家在地理标志概念、保护水平、地理标志与商标的关系等方面又存在不同价值取向,加剧了地理标志保护范畴上的分裂。从我国制度上看,地理标志的保护采取的是从属于商标法的一元化体系,商标法对地理标志的特性并未匹配独特制度,导致了在包含地名的商标和地理标志的注册及使用不规范、商标的侵权标准不完全适用于地理标志、以及对商标注册人和使用人的管理不到位等系列问题。我国商标法体系下地理标志保护的理论基础是符号说,其认为地理标志在商标法体系保护的正当性是为了确保市场的真实性。但符号说只解释地理标志的指示作用,无法阐明地理标志的特殊性,导致商标法无法对地理标志做到充分保护。分析地理标志的特殊性应从关联性要素说的角度出发,对地理标志的产地、声誉和质量等构成要素分析可得出,地理标志侧重于识别产品的地理来源;地理标志的声誉是由集体创造并经过长时间的积淀传承下来的;地理标志产品因其地域因素拥有不同于相同产品的独特质量指标。完善我国商标法体系下出现的地理标志问题,首先应厘清地理标志申请商标注册的审查思路。明晰地理标志并非是注册集体商标或证明商标后产生的,正确理解地名的可注册性;加强对地名第二含义的审查;以地理标志产品地理环境因素的关联性为主要考量因素作为认定地理标志的实质条件。其次,增设地理标志产品的具体保护制度。明确地理标志产品的审查要素包括质量、特征和声誉,产品要素包括原材料、特殊工艺和产品形态。再次,完善地理标志侵权认定的基本思路。确定地理标志的法益特殊性,细化地理标志的近似性比对,明晰混淆可能性的判断标准,完善地理标志的正当使用规定,即主观条件符合善意的要求、客观条件符合描述性使用的规定。最后,加强商标注册人的服务意识,重视对地理标志申请主体的监管,建立地理标志专用标志激励机制。