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目的：对结核分枝杆菌复合群菌种鉴定的传统方法与聚合酶链反应技术(PCR法)进行对比研究，为临床应用提供科学依据。方法：分别采用传统结核分枝杆菌菌种鉴定方法（硝基苯甲酸和噻吩-2-羧酸肼）和聚合酶链反应技术，对2010年4月至2011年5月从新疆喀什胸科医院住院、临床确诊肺结核患者的313份（例）晨痰标本临床分离株进行菌种鉴定。从中立意抽样法抽出100份结核分枝杆菌、牛分枝杆菌及非洲分枝杆菌I型菌株，用Spoligotyping法（是鉴定结核分枝杆菌复合群首选的方法，尤其对牛分枝杆菌及BCG可谓金标）检测前两种方法结果的可靠性。结果：传统方法检测出结核分枝杆菌253株，牛分枝杆菌60株，0株非洲分枝杆菌Ⅰ型；而聚合酶链反应技术检测出结核分枝杆菌306株，牛分枝杆菌1株，非洲分枝杆菌Ⅰ型6株，两者间差异无统计学意义(χ~2=5.05，P=0.08)，两者检测的一致率为79.87%（250/313）。传统方法和聚合酶链反应技术鉴定结果虽无统计学意义，但单看其在鉴定牛分枝杆菌上差异存在统计学意义(χ~2=4.16，P=0.04)，故用立意抽检100份菌株（用传统方法鉴定出的牛分枝杆菌60株，结核分枝杆菌40株和非洲分枝杆菌I型0株；而聚合酶链反应技术鉴定其为牛分枝杆菌1株，结核分枝杆菌93株和非洲分枝杆菌I型6株）用间隔区寡聚核甘酸分型技术出牛分枝杆菌2株，结核分枝杆菌90株、非洲分枝杆菌Ⅰ型6株，有2株分枝杆菌未检测出；其和传统方法与聚合酶链反应技术的一致率分别为38.78%（2+36/98），98.98%（1+90+6/98）。结论：经过Spoligotyping法检测可知，在结核分枝杆菌复合群菌种鉴定中传统方法较聚合酶链反应技术耗时、繁琐、且不能较准确的鉴定出菌种，而聚合酶链反应技术可准确、快速的将其鉴定到亚种。