在鱼类中,雌雄生长异型模式有着重要的理论和实践意义。由Y、X特异等位基因标记所支持的性别控制技术已经应用于全雄黄颡鱼品系的大规模育种,但黄颡鱼遗传育种的遗传信息仍不太明确。在此,我们首次对来自XX雌鱼、XY和YY雄鱼的多种组织进行了全转录组分析。总共获得1,202,933个高质量reads（约540Mbp）,并拼接成为28,297个contigs和141,951个singletons。通过使用BLASTX与NCBI nr数据库的比对,获得了总共52,564个unique sequences,其中包括18,748个contigs和33,816个singletons,并能与25,669个已知的或预测的蛋白相比对。这些被注释的序列经过GO数据库分析,其中有712个可被注释到生殖与繁殖过程的条目中。并通过KEGG富集分析发现了一些与生殖系统潜在相关的基因,预测到了至少21个性别决定与分化潜在相关基因,例如Dmrt1、Sox9a/b、Cyp19b、WT1、AMH。从转录组数据中还获得了总共82,794个SSRs、26,450个SNPs、和4,145个INDELs。因此,我们的转录组分析为黄颡鱼的性别控制育种提供了有意义的研究,并有利于将来硬骨鱼类的生殖与性别决定研究。通过对转录组测序数据的荧光定量PCR分析发现,与肿瘤发生和细胞增殖密切相关的增殖细胞核抗原（PCNA）相关因子p15^PAF在黄颡鱼XX雌鱼卵巢中的表达量显著高于XY雄鱼精巢中的表达量。然而,p15^PAF在脊椎动物发育中的功能仍是未知。为了探索p15^PAF在斑马鱼发育中的作用,我们使用CRISPR/Cas9技术构建了p15^PAF突变体斑马鱼。我们发现缺失母源p15^PAF的突变体(即p15^PAF母源突变体)会在早期胚胎发育时期出现严重缺陷,包括由一些早期胚胎腹背轴分化相关标记基因减少或者异位所指示的体轴形成异常。值得注意的是,p15^PAF母源突变体在母源-合子转换（MZT）期间,正常的母源因子降解和合子基因激活被严重影响,Wnt/β-catenin信号通路中的一些基因表达量下调。而p15^PAF母源突变体的腹背轴分化缺陷可以由过表达的β-catenin所挽救。TOPFlash荧光素酶报告实验可以用来检测Wnt/β-catenin信号通路中TCF/LEF的活性,结果表明p15^PAF和β-catenin配合调节下游基因。免疫共沉淀实验证明了斑马鱼的P15^PAF蛋白可以和β-catenin蛋白相互结合。总之,我们的结果揭示了斑马鱼p15^PAF结合β-catenin并且调节β-catenin的活性,并在包括MZT和体轴形成的早期胚胎发育过程中发挥关键作用。