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近年来,稻曲病的发生日趋严重且危害面积逐年扩大,已成为严重影响黑龙江省水稻产量及品质的主要病害之一。但黑龙江省关于对稻曲病的基础研究方面较为薄弱,为了进一步明确黑龙江省稻曲病的发生规律及遗传背景分析,本论文研究了黑龙江省水稻稻曲病病原菌的分离方法、生物学特性、分子检测和遗传多样性分析,为稻曲病的早期鉴定、科学防治及抗病育种提供理论参考。本文从黑龙江省5个水稻主栽区采集病样108份,采取3种分离方法对稻曲病菌进行分离率比较,并从各采样区分别选取代表菌株进行生物学特性分析,设计水稻稻曲病的特异性引物并进行检测,然后利用SSR分子标记技术对成功分离所得的89个水稻稻曲病菌菌株的遗传多样性进行研究,分析黑龙江省水稻稻曲病菌的遗传背景。主要结果如下:（1）采用改进的组织分离法明显提高了稻曲病菌分离成功率,本方法污染小,分离成功率高,分离率可达76%,该方法明显优于厚垣孢子悬液分离法和菌核萌发法,厚垣孢子悬液分离法和菌核萌发法分离率分别为6.67%和30%。利用上述3种方法成功从黑龙江省5个水稻主栽区采集病样成功分离得到个89个稻曲病菌菌株。（2）试验测得分离得到的稻曲病菌菌株的平均生长速率为0.1875cm/d。其中,所有菌株中,生长速率大于平均生长速率的菌株有15株,占所有代表菌株的60%,主要来自于哈尔滨、牡丹江和绥化地区的菌株;生长速率小于平均生长速率的菌株有10株,占所有代表菌株的40%,主要来自于佳木斯及齐齐哈尔地区的菌株。哈尔滨地区及牡丹江、绥化地区菌株的生长速率大于齐齐哈尔地区及佳木斯地区菌株的生长速率。（3）通过对稻曲病菌培养条件及营养需求研究结果表明:马铃薯蔗糖琼脂培养基（PSA）为稻曲病菌生长最适培养基,26℃为菌丝生长的最适温度,最适pH值为7.0,蔗糖为最适碳源,KNO3为最适氮源。（4）本文设计了一对特异性引物UV-A/UV-B且只对稻曲病菌扩增出长度为260bp的特异性片段,而其他供试菌株均未扩增出目的条带,可被用于水稻稻曲病菌（U.virens）的检测;该引物在PCR反应中,对水稻稻曲病菌基因组DNA的检测灵敏度为1 pg,从而建立了灵敏度高、特异性好的稻曲病菌PCR检测体系。将稻曲病菌接种至水稻穗粒后最早于48 h时,便可检测到稻曲病菌。（5）筛选出9对SSR引物对分离得到的89个供试菌株进行扩增,每对引物的扩增条带均在27之间,共得到43条谱带,平均每条引物扩增出4.8条谱带。其中多态性条带25条,占总数的58.1%。引物S318的多态性最好,多态性条带比率达到85.7%,S509多态性最差,多态性条带比率仅为33.3%。通过SSR分子标记分析菌株间遗传相似系数显示,稻曲病菌菌株的GS（遗传相似系数）为0.6130.955,平均值为0.741,差值为0.342;其中,佳木斯地区和齐齐哈尔地区的稻曲病菌菌株之间的GS最小,为0.613,遗传距离最远,遗传相似程度最低;哈尔滨地区和牡丹江地区稻曲病菌菌株间的GS最大,为0.955,遗传距离最近,遗传相似程度最高。依据SSR结果分析,当遗传距离为0.73时,89个菌株分为3个类群,5个地区的稻曲病菌菌株在3个类群里均有分布,哈尔滨地区的菌株主要分布在第Ⅲ类群中。牡丹江地区的菌株较均匀地分布在第Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ类群中。佳木斯地区的菌株主要分布在第Ⅰ、Ⅱ类群中。齐齐哈尔地区的菌株主要分布在第Ⅱ、Ⅲ类群中。绥化地区的菌株主要分布在第Ⅰ、Ⅱ类群中。研究结果表明黑龙江省水稻稻曲病菌遗传背景复杂程度较低,菌株整体遗传较为稳定。