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自然发酵牦牛乳是西藏地区的传统发酵乳制品,其中含有丰富的微生物群落。本研究通过高通量454焦磷酸测序的方法对采集自西藏宁中与格达乡的16份传统发酵牦牛乳样品进行微生物多样性分析。焦磷酸测序共得到了112,173条高质量的细菌16S rRNA序列和90,980条真菌ITS序列。分析显示这些基因序列分属于11个细菌门和5个真菌门,其中厚壁菌门Firmicutes)和子囊菌门(Ascomycota)为优势菌门。在属的水平上,细菌的优势菌属为乳杆菌属(Lactobacillus),真菌的优势菌属为酵母属(Saccharomyces)。基于UniFrac的加权和非加权的主坐标分析(weighted and unweighted UniFrac principal coordinate analysis)表明两个地区样品中细菌和真菌的微生物群落结构没有显著差异。然而,基于UniFrac非加权的多元方差分析(multivariate analysis of variance, MANOVA)表明格达乡样品细菌和真菌的多样性与宁中乡的样品差异显著(P<0.05)。通过冗余分析(redundancy analysis,RDA),对49个关键OTU(operational taxonomic unit)进行了鉴定。其中格达乡样品中7个OUT属于7个关键菌属,为放线杆菌属(Acinetobacter)、未能鉴定到属的拟杆菌门(Unidentified Bacteroidetes)、乳杆菌属(Lactobacillus)、未能鉴定到属的变形菌门(Unidentified Proteobacteria)、(Streptococcus)、泛生菌属(Pantoea)、未能鉴定到属的厚壁菌门(Unidentified Firmicutes)、宁中乡的样品中42个OTU属于18个关键菌属,主要包括马赛菌属(Massilia)、丙酸菌属(Propionibacterium)、乳球菌属(Lactococcus)、明串珠菌属(Leuconostoc)、肠球菌属(Enterococcus)、此论文的研究结果表明微生物群落结构的不同与地理位置相关,此结果可为西藏传统发酵牦牛乳品质改良提供借鉴。