专利制度在19、20世纪相关各国实现工业化的过程中，发挥了至关重要的作用，并且其自身也形成了一整套完善的制度体系，促进了科学技术和经济的迅速发展以及人类社会的巨大进步。然而在专利的审查过程中，专利行政相对人与国务院专利行政部门的地位是不平衡的，在具有优势地位的国务院专利行政部门面前，专利行政相对人是处于弱势地位的，因而必须以另外一种权力来对国务院专利行政部门的行政权进行监督制约。目前世界上多数国家的专利制度中都设计了相应的制度来监督制约国务院专利行政部门行政权的行使，我国的专利行政诉讼制度就是这样一种监督制约专利行政权行使的制度。然而对于专利行政诉讼制度，目前国内尚无系统的理论分析介绍。 本文尝试通过对专利行政诉讼所进行的理论和现实上的分析，针对当前我国专利行政诉讼所面临的困境，借鉴国外的经验，笔者提出了我国目前改进和完善专利行政诉讼所应进行的选择。全文共分四个部分，第一部分通过对专利行政诉讼概念的辨析，揭示了专利行政诉讼的性质，对专利行政案件的种类进行了合理界定，并简要介绍了日本、德国的专利行政诉讼制度和美国的专利司法审查。第二部分阐述了专利行政诉讼的理论基础，从人权保障、专利行政机关与行政相对人权利(力)义务平衡论、专利权力制衡论和专利行政许可法定原则等角度论证了专利行政诉讼的理论基础。第三部分分析了我国专利行政诉讼目前所面临的现实困境，实践层面的专利行政案件数量少、审判力量不足和地区发展不平衡等问题；在理论层面上，专利无效诉讼究竟应当属于行政诉讼范围还是民事诉讼范围，也尚存争议，专利行政案件诉讼管辖在理论与实践上的背离、专利行政案件中对专业技术性问题的认定究竟应当采取何种有效方式，这些都是我国目前专利行政诉讼所面临的现实困境。针对这些问题，第四部分四川大学硕士学位论文提出了改革和完善我国专利行政诉讼所应进行的选择:在现阶段改革专利无效诉讼、加强专利审判力量;而解决问题的根本之道是建立我国的专利法院。在专利法院的具体建构上，笔者提出了自己初步的构想:设立与高级法院同级的专利高级法院，并借鉴我国1998年人民银行体制改革的经验，将我国划分为几大片区，设立与中级法院同级的专利地区法院。关键词:专利行政诉讼专利高级法院专利地区法院