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目的:结合基因组拷贝数变异测序（Copy number variation sequencing,CNV-seq）和染色体核型分析,评估无创产前检测技术（Non-invasive prenatal testing,NIPT）对胎儿染色体拷贝数变异（Copy number variant,CNV）的检测效能及临床意义。方法:选取2018年1月1日至2020年8月31日在南宁市第二人民医院行NIPT的孕妇22998例,孕妇年龄为18~48岁,平均（32.0±5.5）岁,孕周12~34周,平均（17.4±3.1）周。对NIPT提示高风险、缺失、重复及性染色体异常的孕妇,建议行羊膜穿刺抽取羊水进行染色体核型分析及基因组拷贝数变异测序,对NIPT结果进行验证,分析染色体异常情况,评估NIPT对胎儿染色体拷贝数变异的检测效能。NIPT提示低风险且无其他异常结果的孕妇继续妊娠,并随访追踪。结果:1.NIPT异常结果:22998例接受NIPT的孕妇中,检测到318例NIPT染色体异常,分别为228例非整倍体异常（包括76例21三体高风险,25例18三体高风险,23例13三体高风险,86例性染色体异常及18例其他染色体高风险）和90例CNV。2.介入性产前诊断结果:318例NIPT染色体异常的孕妇有240例接受羊膜穿刺产前诊断,其中180例为非整倍体异常（69例21三体高风险、18例18三体高风险、22例13三体高风险、62例性染色体异常、9例其他染色体高风险）,60例为NIPT提示CNV。经CNV-seq和染色体核型分析结果显示,180例非整倍体异常孕妇未发现致病性CNV或其他染色体异常。60例CNV孕妇有31例（51.67%）未发现致病性CNV或其他染色体异常,有28例（46.67%）孕妇提示胎儿染色体拷贝数异常,其中27例结果与NIPT一致,1例结果不一致。此外,有1例仅接受染色体核型分析,拒绝行CNV-seq检测。在后续对31例阴性的追踪随访中发现有1例胎儿生长受限宫内死胎引产,1例足月顺产儿多趾,其余新生儿出生时表型未见异常。3.NIPT对胎儿染色体拷贝数变异的检测效能:（1）NIPT对CNV的检出率为0.39%（90/22998）,总灵敏度为77.14%（27/35）,总特异度为99.85%（22663/22695）,阳性预测值为49.23%（32/65）,阴性预测值为99.90%（22663/22680）。（2）NIPT对比CNV-Seq结果:NIPT对不同片段大小的检测:（1）对CNV检测为＜5Mb的拷贝数异常,NIPT检测到16例CNV异常,经羊膜穿刺CNV-Seq验证有10例阳性,6例未见异常,NIPT的阳性预测值（PPV）、灵敏度和特异度分别为66.67%、55.56%、99.97%。（2）对于5Mb≤CNV＜10Mb的片段,NIPT检出13例CNV异常,有6例经CNV-Seq证实,6例未见异常,NIPT的PPV、灵敏度和特异度分别为50.00%、100%、99.97%。（3）对片段大小≥10Mb的CNV,NIPT检出31例CNV异常,经CNV-Seq验证有11例阳性,20例未见异常,NIPT的PPV、灵敏度和特异度分别为35.48%、100%、99.91%。NIPT对CNV不同片段大小的检测均表现出优越的特异度,但CNV＜5Mb在PPV和灵敏度方面略高于5Mb≤CNV＜10Mb。而CNV≥10Mb的CNV的PPV较低,5Mb≤CNV＜10Mb与CNV≥10Mb的灵敏度均为100%,而CNV＜5Mb的灵敏度为55.56%,相对较低。（3）NIPT提示胎儿染色体异常结果中,经CNV-seq验证,有5例为临床致病性CNV:2例Angelman/Prader-Willi综合征、1例WolfHirschhorn综合征、1例Cri du chat综合征、1例Di George综合征。2例经胎儿父母核心家系调查,发现一例胎儿CNV异常为新发突变,另一例胎儿CNV为遗传自父母。4.随访妊娠结局:对所有孕妇进行随访,78例NIPT高风险孕妇拒绝介入性产前诊断,随访妊娠结局:30例提示CNV孕妇有4例引产、1例顺产出生、1例失访,其余24例健康;48例非整倍体异常孕妇有10例终止妊娠、3例顺产出生、2例失访,其余33例健康。22680例NIPT低风险孕妇中,随访发现9例胎儿异常（1例宫内死胎,1例唇腭裂引产,1例胎粪性腹膜炎引产,6例为马蹄内翻足、尿道下裂、先天性心脏病、动脉导管闭锁等异常）。有8例经B超发现胎儿异常,最终行羊膜穿刺CNV-seq结果显示拷贝数异常,CNV为疑似良性变异或临床意义不明。对胎儿进行随访,1例生长受限宫内死胎,1例活产并指,其余健康。另发现1例NIPT阴性,B超胎儿异常病例,经CNV-seq验证结果未见异常,对胎儿及父母进行全外显子测序核心家系调查,发现两个杂合变异的致病基因突变位点分别来自胎儿父母,经遗传咨询孕妇选择胎儿引产。其余新生儿出生时表型未见异常。结论:NIPT技术用于筛查胎儿CNV是可行的,但NIPT技术不能取代CNVSeq技术成为胎儿CNV的常规检测方法,阳性结果需介入性产前诊断、阴性结果仍需加强超声检查及随访,做好遗传咨询。