黄酮类化合物是一类重要的中药活性成分，对多种疾病具有较好的疗效。脱氧核糖核酸(deoxynucleicacid，DNA)是重要的遗传物质，在生命过程中起着重要的作用。药物在体内通常是通过与蛋白质或DNA等生物大分子的结合，调节其结构和功能而达到治疗的目的。因此，在分子水平上研究和阐述DNA与药物分子的相互作用机制，对深入了解药物的药理药效具有重要意义。 本工作应用荧光光谱、紫外光谱、红外光谱以及分子模拟等方法对小牛胸腺DNA(ctDNA)与三种不同结构的黄酮类化合物儿茶素(Cat)、槲皮素(Qu)和杨梅酮(My)相互作用的机理进行了研究。利用紫外吸收光谱和红外光谱对不同pH值条件下黄酮类药物和ctDNA的结构进行了表征，结果表明在pH6.4-pH2.8范围内，黄酮类药物结构受pH值的变化影响较小，而ctDNA在不同的pH值条件下以不同的异构体形式存在。ctDNA对Cat的的内源荧光具有明显的淬灭效应，但与My、Qu作用时，使其荧光发射增强。研究发现ctDNA与药物的结合能力受pH值的影响很大。pH5.4时药物与ctDNA的结合常数比pH6.4时的结合常数大，这可能是由于ctDNA在pH5.4条件下比在pH6.4条件下有较为微弱的碱基间相互作用力造成的。在pH2.8条件下药物与ctDNA仍然有较强的相互作用，这可能是只有较深小沟的Z-DNA的出现使得结合更加容易。ctDNA的碱基和磷酸基团在与药物相互作用前后其红外光谱谱带发生了明显的变化，表明ctDNA的磷酸基团和碱基均参加了与药物的结合，并且随着ctDNA结构的变化反应结合位点也会发生变化：药物分子在与ctDNA作用之后在紫外光谱中体现出来的红移和减色效应证明药物和ctDNA可能是以插入模式结合的，但是由于药物分子的非平面性，因此二者不可能是以经典的插入模式结合，还会与沟槽结合有关。利用分子模拟对药物分子和ctDNA的结合方式进行了计算机模拟计算，结果表明药物小分子与ctDNA是以沟槽结合方式进行的。模拟计算和实验结果基本吻合。 总之，药物与ctDNA是以小沟结合方式相互作用的，药物的苯环和取代的羟基均参加了结合。苯环与碱基对共轭，羟基则提供氢键与碱基上杂原子形成氢键。药物分子的空间结构发生了一定程度的扭曲，使得结合更加牢固。