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随着近年来农用动物数量的增加,养殖规模的扩大,转基因动物的出现,实验用动物及动物源性制品的增多,如何有效地进行动物物种的管理和鉴定成为亟待解决的问题,而物种的准确鉴定是我们认识物种、进行物种探索和保护的基础。DNA条形码技术(DNA Barcoding)是近年迅速发展起来的以分子遗传标记为基础的分类学方法,由于它的快速、准确、高效等优点被广泛关注。线粒体DNA(mitochondrial DNA,mtDNA)的细胞色素c氧化酶亚基I基因(cytochrome c oxidase subunit I gene,COI)作为DNA条形码已成功应用于动物的种属鉴定、生物多态性分析等生物研究的各个领域,但是对同一物种不同品种品系的鉴定研究几乎还处于空白状态。本实验通过对农用动物4个物种8个品种共233个样本的COI基因序列的遗传分析,并和这些样本的线粒体16S rRNA基因序列的遗传分析结果进行对比,验证线粒体COI基因和16S rRNA基因作为DNA条形码在农用动物种属及品种品系鉴定中的可行性和优劣,为品种品系的鉴定提供新的思路和方法。遗传分析结果显示:1.利用COI基因的通用引物扩增出的目的片段约为670bp,利用16S rRNA基因的通用引物扩增出的目的片段约为570bp,这些长度完全可以满足DNA条形码技术所需的长度要求。这233个样本在COI基因序列分析中存在25个单倍型,159个多态信息位点,在16S rRNA基因序列分析中存在16个单倍型,88个多态信息位点,COI基因序列多态信息含量较高。2.通过对所有样本COI基因和16S rRNA基因序列的碱基组成分析发现,A+T的平均含量远远大于G+C的平均含量(A+T的平均含量最低为肉牛在COI基因中的碱基含量54.4%),并且存在明显的碱基偏倚性,这符合线粒体基因的碱基组成特点。3.对所有样本的COI基因和16S rRNA基因序列构建系统进化树,结构显示用NJ法和ME法构建的系统进化树结构基本相同,且相同物种聚为独立的分支,位置清晰,关系明确,与遗传距离的分析结果相同,证明了COI基因和16S rRNA基因作为DNA条形码在农用动物种属水平上的鉴定是可行的。4.在对猪的COI基因和16S rRNA基因序列分析中发现,杜洛克猪中有的单倍型与长白猪唯一的单倍型完全相同,它们之间的遗传距离为零,在系统进化树结构中也完全重叠,区分不开,且各品系单倍型在系统进化树结构中存在交叉,两种牛的分析结果同样如此,此结果说明:COI基因和16S rRNA基因作为DNA条形码在农用动物品种品系中的鉴定存在一定困难。5.对所有样本的16S rRNA基因用单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP)方法分析,可成功区分杜洛克猪、长白猪和大白猪、小型猪,这为农用动物品种品系的鉴定提供了新的思路和实验基础。