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蛋白质大分子是生物体内除水外含量最大的成分，它与生命以及生命活动密切相关。各种生物小分子，无论是药物还是毒物，进入机体后，都会与之发生反应，影响着机体的新陈代谢。蛋白质与小分子结构类似物的相互作用研究可以有助了解各类小分子物质在体内的代谢及药理毒理研究，同时也为小分子药物的设计和筛选中考虑不同的官能团效应提供有效信息。本文以血红蛋白（Hb）大分子，联苯双酯（DDB）及其结构类似物、五种生物碱、2-脱氧基-2-β-氟代-4-叠氮基胞嘧啶核苷（FNC）、四种三苯甲烷类染料及中性红小分子为研