资本市场的发展，是我国逐渐从传统的计划经济体制向市场经济体制过渡的基础上产生的。资本市场是当今优化资源配置的重要场所，加上企业的管理体制出现了变化，由最初的单一管理发展到现在普遍的所有权与经营权的分离。公司的利益相关人可能因为没有相应的时间和精力，或者应为本身的能力不足，难以亲自参与公司相关经营决策的制定，只有通过其他方式即雇用相应的专业性人才。利益相关人会将围绕公司财务报表的注册会计师发表的审计意见作为他们判断他们的投资是否达到预期效果的关键性参考依据。治理结构是否有效与公司的相关指标都有着密切的联系，而审计意见的类型，与在治理层监管下企业的相关会计资料完整性及真实性是密不可分的。本文拟全面研究公司治理结构（包括：股权结构、董事会、监事会、独立董事等）与注册会计师发表的非标准审计意见的相关性。预期发现公司治理结构中的哪些方面会对审计意见产生显著地影响，为完善公司治理结构提供一些经验依据。运用理论分析与实证分析想结合。在对国内外相关学者的研究成果基础之上，进行文献回顾与评述，概述公司治理结构和审计意见的基本内涵、影响因素等，在此基础上分析公司治理结构与审计意见存在相关性的基本理论依据，并据此提出实证研究的基本假设。其次根据2010年公司审计意见数据进行描述性统计、Logistic回归分析等实证检验。检验结果是第一大股东持股比例、2-4大股东持股比例以及监事会规模与非标准审计意见正相关；独立董事的比例、董事会规模、国有股占公司股数的比例以及流通股比例与收到的审计意见不存在显著的相关性；董事长及监事会主席学历与非标准审计意见负相关。最后得出第一大股东及2-4大股东持股比例越大，监事会规模越大，越容易收到非标准审计意见；董事长及监事会主席学历相对较高，容易收到标准审计意见；而独立董事的比例、董事会规模、国有股比例以及流通股比例与收到何种审计意见并没有显著地相关性。