2009年,我国出台了“新医改”政策,该政策针对医疗卫生事业改革提出,政府应该投入更多的财政资金在农村医疗卫生事业方面,这表明我国越来越重视基本医疗卫生服务事业。目前我国很多乡镇卫生院存在缺乏人力、财力和物力资源的问题,导致医疗卫生事业发展跟不上时代的步伐,因此非常需要评价财政补助资金的绩效,保证资金落实到位,提高资金利用率。本文将平衡计分卡的设计引入到财政专项补助资金的绩效评价中,以广东省汕尾市陆河县水唇镇卫生院的标准化建设项目为验证对象,建立一套财政补助资金绩效评价指标体系。首先基于国内外文献综述以及相关理论,初步了解财政补助资金及其绩效评价指标体系的特点;然后对平衡计分卡在财政补助资金绩效评价指标体系运用的可行性进行分析与探讨,再基于平衡计分卡构建财政补助资金绩效评价指标体系,使用德尔菲法和层次分析法确定每个评价指标的权重,采用计划标准分析评价绩效结果;以水唇镇卫生院的标准化建设项目资金使用绩效为例,应用构建好的绩效评价指标体系进行实证分析,从而证明指标体系的实用性及优越性;最后提出改善财政补助资金绩效评价指标体系的建议。通过对水唇镇卫生院的标准化建设项目开展新指标体系的应用研究,得到绩效评价结果为“良好”。本文构建的绩效评价指标体系侧重于客户维度和学习与成长维度的绩效,相比较现有的财政补助资金绩效评价指标体系,增加了对硬件设施和医疗技术水平两方面具体的绩效评价指标,能够有效解决“中病不出镇”的问题,并且水唇镇卫生院院长表示,该套指标体系能够有效全面客观地评价水唇镇卫生院的绩效。将企业的战略工具平衡计分卡运用到构建财政补助资金绩效评价指标体系上,从四个维度全方位地评价乡镇卫生院的财政资金绩效与部门职能绩效,如此构建好的财政补助资金绩效评价指标体系会更加客观全面,有更强的实用性与通用性。