2006年7月，科技部、国务院国资委和中华全国总工会启动了建设创新型企业试点工作，分两批选择了287家企业开展试点。目前，第三批创新型企业的甄选正在进行中。这些试点企业在国家政策的扶持下是否取得了令人满意的成绩，是否推动了经济发展，是否有利于环境保护？因此，分析创新型企业的特性，并据此设计绩效评价体系，对创新型企业进行审计，是一项迫在眉睫、具有重大意义的任务。　　 基于此背景下，本文从绩效审计和技术创新审计理论出发，结合我国创新型企业的特征，力图提出一个能够较全面反映技术创新绩效、得到广泛认可、实践上行之有效的研究方法论和测度工具。根据审计报告中的结果分析，提出适合企业的应对策略，以期对企业科学地认识自身的技术创新状态，采取有效的技术创新战略，保持和提高企业竞争优势，获得最佳经济效益、社会效益和环境效益提供帮助。　　 本文通过界定创新型企业的定义，阐述绩效审计的相关理论，对比各类创新绩效审计模型的主要特征，结合平衡计分卡的基本原理，本文提出了改进后的基于平衡计分卡的创新型企业绩效审计模型。随后，依据以科学发展观制定审计指标体系的原则，结合创新型企业的特点，从平衡计分卡的四个维度出发，建立了创新型企业绩效审计评价指标体系，并以此设定标准。通过层次分析法确定指标权重后，运用模糊数学的基本原理，对大型创新型企业J公司和中小型创新型企业Q公司进行评价。最后，比较分析了大型企业与中小型企业的现状及面临的主要障碍，并提出相关对策，以期创新型企业对症下药，更好更快地发展。