为了适应现代化城市建设和顺应“绿色发展理念”的要求,我国完善城市基础设施而推行了架空入地工程项目,旨在2020年,使得一批具备世界领先水准的地下综合管廊投入运营。然而在架空入地工程项目实施过程中存在诸多问题,比如项目前期实施难度大,项目中期管理效率低下,项目后期不可控因素多,均影响了架空入地工程项目的整体质量。但对政府投资项目实施跟踪审计,可以及时发现问题,实时监督各阶段的建设,有效弥补损失,正确引导和解决问题,一定程度地保证了项目的高质高效开展。因此,对架空入地工程项目实施跟踪审计进行研究意义重大,跟踪审计工作中存在的问题及解决措施更值得我们探讨和改进。本文以M架空入地工程项目为例,对国内外学者的跟踪审计研究情况进行归纳总结,在受托经济责任、成本控制及国家治理理论研究的基础上,概括了工程项目跟踪审计的基本内涵、特征、依据、目标和方法,并且运用案例分析法和社会调查法,对跟踪审计在M架空入地工程项目中各个阶段的应用做了详细阐述,发现跟踪审计工作中存在着以下问题:审计职能未良好发挥、审计效果体现不充分;绩效审计关注不全面、绩效审计指标单一化;审计重点把控不清晰、审计处理把握不准确;审计结果落实不到位、审计整改力度不充足。针对上述问题,本文提出相应的优化措施:完善工程项目管理机制、开展重点内容信息化审计;明确项目绩效审计原则、形成多维度绩效评价指标;提升审计人员业务素质、完善跟踪审计沟通机制;提高审计风险防范意识、推进跟踪审计整改流程。通过研究,本文得出以下主要结论:（1）将架空入地工程项目审计和跟踪审计结合在一起,顺应了我国“审计全覆盖”的发展需求,提高了审计效果,扩大了审计范围,丰富了审计内容,是跟踪审计应用的典范。通过对跟踪审计工作在工程项目各个阶段应用的具体分析,可以帮忙解决项目实施过程中面临的突出难题,充分发挥审计预防和监督的职能,在一定程度上保证工程项目的成本控制、项目管理和资金效益。（2）虽然跟踪审计工作在架空入地工程项目中得到全面应用,但是仍然存在完善的空间,主要表现在审计职能未能良好发挥,容易出现审计人员既当运动员也当裁判员;缺乏完善的项目绩效审计评价体系,导致不能对项目的绩效进行全面客观的评价;跟踪审计人员的力量不充实,会导致审计重点把握不请;跟踪审计结果落实不到位,影响跟踪审计整体效果。（3）架空入地工程项目跟踪审计工作,可以借鉴到其他的政府审计项目中,这些项目的共同的特征是:政府投资的大规模的关乎民生的工程项目,需要各利益相关单位密切配合。基于此,可以将架空入地工程项目的实践成果借鉴到其他同类型的项目上,以提高跟踪审计的工作效果。