中国改革开放初期所提出的“效率优先,兼顾公平”的发展思路,满足了当时社会发展的基本要求。区域性发展战略带动了我国经济的高速发展。近年来中国不同发展程度的地区纷纷产生了严重的生态问题,严重制约了我国经济和社会发展。生态效益输出地区与生态效益受益地区之间的经济发展不平衡,导致了发展差距日益加大。牺牲一部分地区的生态环境换来另一部分地区的经济发展固然是“效率”的,但是在一定程度上缺少了“公平”。直到今日,生态效益输出地由于没有能力或者非主观意愿的进行生态环境改善,导致了生态建设乏力的出现。甚至部分地区对于经济发展的谋求,是建立在以破坏生态环境、降低生态效益的基础之上的。最终,生态效益输出地问题也影响到生态效益受益地的生态环境和持续健康发展。随着我国经济的高速发展,为了应对新的形势,党在十六大确立了树立“以人为本,全面、协调、可持续的科学发展观”,科学发展观提出了“效率”、“公平”兼顾的思想。将区域生态补偿作为宏观调控的一种重要手段,不仅兼顾“效率”和“公平”,并且能协调中国各地区之间的发展。本文在生态补偿理论的基础上,通过以主体功能区生态补偿为视角,分析区域生态补偿所面临的问题。并以此对生态补偿的主体划分、具体制度设计以及法律制度进行研究。区域生态补偿是促进区域间的生态效益关系和经济利益关系平稳发展的有效手段,对缩小地区差距、加强区域合作、推动区域协调发展、促进西部发展及增加东部效益具有重要意义。