对科学技术研究机构(本文指政府财政经费支持的从事科学技术研发的科研院所、大学等机构,以下简称科研机构)成果转化问题,目前社会较多关注科技成果转化效率和转化过程,或注重市场中介的作用,忽视大系统的影响;或仅仅强调创业企业与产学研协同创新,忽视科研机构自身的角色与定位;或着眼于成果转化的具体操作方法、程序,忽视内在的机制与动力。市场经济条件下,科技成果转化是市场行为,必然遵循市场机制,因此科研机构成果转化市场机制是科研机构成果转化中的基本问题,也是核心问题。目前对科研机构成果转化市场机制缺乏足够关注以及深入的学术研究,导致在概念、理论、政策等诸多方面存在认识误区,对科研机构在科技成果转化中的地位与作用认识不清,难以充分发挥科研机构在科技成果转化中的积极作用,促进科技与经济的结合。从科技成果转化市场出发,分析科研机构在科技成果转化市场中的角色定位,进而对科研机构成果转化市场机制进行分析,揭示其特点和规律。科研机构从事科技创新,为社会提供公共产品,其角色是公益主体。市场经济条件下,科研机构不仅要从事科技创新,还要进行科技成果转化,参与市场交易活动,此时科研机构不仅是公益主体,还成为市场主体。正是这种双重主体性决定了科研机构成果转化市场机制不同于一般企业的市场机制,其特殊性表现为:1.科研机构设立成果转化机构,并由其代理市场主体角色,成果转化机构成为科研机构与市场之间的防火墙。2.科研机构成果转化的供需、竞争、价格等机制在盈利与公益之间保持平衡。3.许可费提成率在科研机构成果转化市场机制中起到了“风向标”作用,成为科研机构成果转化的特殊机制。科研机构成果转化市场机制因科研机构成果转化市场的不完全竞争、科技成果的公共产品与外部属性、信息不对称等因素而导致失灵,更因科研机构两种主体角色失衡而导致失灵。科技人员创业、产学研合作、利益冲突规制是解决科研机构成果转化市场机制失灵的重要手段,但有必要厘清相互之间的关系,澄清有关边界条件,以保证科研机构成果转化市场机制的顺利运行。科研机构成果转化市场机制的形成与认识是一个历史过程。本文选取斯坦福大学、中科院两个案例,分析了不同市场经济条件下两种不同的探索模式,旨在从历史角度进一步揭示科研机构成果转化市场机制的一般规律。中国政府针对科研机构成果转化市场机制出台了一系列政策,本文分析了相关政策的变迁历程,对新时期如何促进科研机构成果转化市场机制、发挥科研机构在科技成果转化中的积极作用提出了若干政策建议。