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目的:1.比较自身免疫性疾病（AID）患者和健康对照组（HC）肠道菌群的多样性、丰度、代谢通路的差异和肠型特征。2.比较AID和HC外周血淋巴细胞亚群和细胞因子的差异。3.分析AID肠道菌群和淋巴细胞亚群及细胞因子的相关性,探究肠道菌群与AID疾病活动情况的关系,构建AID肠型及其特征评分E-score,并分析其对于指导AID治疗预后的价值。4.探究不同肠型及其特征评分E-score对小鼠关节炎症的影响,挖掘不同肠型及其特征评分对菌群代谢产物、细胞因子等水平的影响。方法:1.采用高通量二代测序检测1102例AID和475例HC受试者的16s r RNA肠道菌群扩增子。用Microbiota Process和Bray-curtis距离比较两组间Alpha多样性和Beta多样性的差异。用PICRUSt2软件基于16s r RNA序列预测功能丰度。采用STEMP软件比较各组之间的差异物种和代谢通路的差异。采用Dirichlet多项式混合无监督聚类描述微生物组数据的变异性,对受试者肠道菌群分型,挖掘受试者肠道菌群的特征。2.收集13937例AID和267例HC受试者的外周血,用流式细胞技术（FCM）检测其外周血总T（CD45+CD3+）、B（CD45+CD3-CD19+）、CD4+T（CD45+CD3+CD4+）、CD8+T（CD45+CD3+CD8+）、NK（CD45+CD3-CD16+CD56+）、Th1（CD4+INFγ+）、Th2（CD4+IL-4+）、Th17（CD4+IL-17+）、Treg（CD4+CD25+Foxp3+）的绝对计数;同时用CBA法检测受试者外周血IL-2、IL-4、IL-6、IL-10、INF-γ和TNF-α等细胞因子水平,AID和HC的总体差异采用独立样本T检验,各种AID与HC之间采用ANOVA方差分析。3.采用Pearson相关检验分析差异的菌与淋巴细胞亚群和细胞因子的相关性。采用Dirichlet多项式混合无监督聚类描述微生物组数据的变异性,进而挖掘AID肠型特征,据不同肠型的优势菌构建肠型E-score评分,评价肠型及E-score评分对甲氨蝶呤治疗响应情况的评估能力。4.给予CIA小鼠高膳食纤维饮食重塑肠型,观察普通饮食和高膳食纤维饮食下CIA小鼠的肠型及E-score变化,比较并分析不同肠型及E-score评分下CIA小鼠关节炎分数、组织病理特征、骨量变化及血清短链脂肪酸及细胞因子的水平。结果:1.AID菌群的Alpha多样性不足其Observed指数、Chao1指数、ACE指数、Shannon指数、Simpson指数和Puelou’s evenness J指数均明显低于HC（P＜0.001）。与HC相比类风湿关节炎（Rheumatoid arthritis,RA）、系统性红斑狼疮（systemic lupus erythematosus,SLE）、原发干燥综合征（primary Sjogren’s syndrome,p SS）、未分化脊柱关节病（undifferentiated spondyloarthropathy,USPA）、强直性脊柱炎（ankylosing spondylitis,AS）、白塞氏综合征（Behcet’s syndrome,BD）菌群的丰富度和均匀度均明显减少（P＜0.05）;多肌炎/皮肌炎（Polymyositis/dermatomyositis,DM/PM）、混合性结缔组织病（mixed connective tissue disease,MCTD）、血管炎（Vasculitis）的均匀度明显减少（P＜0.05）但丰富度的下降无统计学差异（P＞0.05）;银屑病关节炎（Psoriatic arthritis,Ps A）的Alpha多样性有下降趋势但无统计学差异（P＞0.05）。2.RA、SLE、p SS、USPA、AS、BD、DM/PM、MCTD、Vasculitis菌群Beta多样性均异于HC（P＜0.05）,Ps A的Beta多样性虽不同于HC,但此差异无统计学意义（P＞0.05）。因AID不同疾病类型的菌群Beta多样性存在较大差异,故掩盖了AID总体与HC的Beta多样性差异（P＞0.05）。3.AID和HC肠道菌群的组成在门水平上主要包括厚壁菌门、拟杆菌门、变形菌门、放线菌门、疣微菌门、梭杆菌门、脱硫杆菌门、蓝菌门、协同菌门、广古菌门、弯曲杆菌门;在属的水平上主要有拟杆菌属、柔嫩梭菌属、大肠-志贺氏杆菌、普氏菌、罗氏菌属、醋菌属、布劳特氏菌属、小杆菌属、罕见小球菌属、副拟杆菌属、双歧杆菌属,其门和属水平上的相对丰度不同（P＜0.05）。4.AID与HC肠道菌群的代谢存在巨大差异,其中硫辛酸的新陈代谢、Propanoate代谢、牛磺酸和低牛磺酸代谢、脂多糖生物合成、谷胱甘肽代谢等功能较HC升高（P＜0.01）;而组氨酸代谢、RNA聚合酶等代谢较HC明显降低（P＜0.001）。5.根据AID和HC肠道菌群特征,AID和HC均可分为两个肠型E1和E2。在门水平上,E1和E2的优势菌分别为厚壁菌门和变形菌门。在属水平上,E1和E2的优势菌分别为普氏菌属和拟杆菌属。不同肠型间在AID和HC中Alpha多样性（P＜0.001）、Beta多样性（P＜0.001）、菌群构成、相对丰度及代谢均存在明显差异（P＜0.05）。6.与HC相比,AID的T、NK、Treg细胞水平降低（P＜0.001）,Th1和Th17水平偏高（P＜0.001）。7.各AID患者的Treg细胞水平普遍降低,其中RA、SLE、p SS、USPA、AS、BD、DM/PM、MCTD、Vasculitis均明显低于正常人（P＜0.05）,尤其以SLE降低最为明显。8.各效应T细胞（Teff）与Treg细胞的比值在AID中呈增高趋势,与HC相比,AID的所有Teff/Treg（T/Treg、B/Treg、NK/Treg、CD4+T/Treg、CD8+T/Treg、Th1/Treg、Th2/Treg、Th17/Treg）均明显升高（P＜0.001）。各AID患者的Teff/Treg均不同程度地较正常人升高（P＜0.05）。9.不同AID的免疫细胞存在差异,其中SLE和Myositis表现为普遍性地淋巴细胞亚群减少,AS、Ps A等主要表现为Teff增多和Treg减少的特征。10.AID患者的IL-2、IL-4、IL-6、IL-10、IL-17、INF-γ和TNF-α等细胞因子水平均高于HC（P＜0.001）,其中以RA的IL-2、IL-6、IL-17、TNF-α的升高最为显著（P＜0.001）,USPA、AS、Ps A、Gout均呈现出诸多细胞因子极度增高特征（P＜0.001）。11.无论是门水平还是属水平,AID患者肠道中诸多菌及其预测的代谢功能与T、B、NK、CD4+T、CD8+T、Th1、Th2、Th17、Treg细胞数和IL-2、IL-4、IL-6、IL-10、INF-γ、TNF-α等细胞因子的水平相关（P＜0.05）。12.通过肠型优势菌群构建了肠型评分E-score,可以很好地区分E1、E2两种肠型,ROC曲线下面积ACU为93.3%（95%CI:90.2%-96.3%）。E1的E-score明显低于E2（P＜0.001）。13.E-score可有效评价MTX的响应率:高E-score的RA患者MTX的治疗响应率为21.4%,低E-score的RA患者MTX的治疗响应率为69.2%。不响应组（NR）的E-score明显高于响应组（R）（P＜0.05）。14.高膳食纤维饮食的CIA鼠E-score较普通饮食更低（P＜0.01）,肠型向E1型转化。15.与E2型相比,E1型CIA小鼠的足爪关节炎分数更低,膝关节组织病理骨破坏程度更轻,骨矿物质含量水平更高,骨表面积和骨体积的比值（BS/BV）明显偏低,相对骨体积或骨体积分数（BV/TV）明显升高,且差异程度与E-score呈现高度相关性（P＜0.05）。16.E1型CIA小鼠血清总SCFA、丙酸、异丁酸明显高于E2型小鼠,且高低水平与E-score呈现高度相关性（P＜0.05）。17.E1型CIA小鼠血清IL-10水平高于E2型（P＜0.01）,且IL-10水平与E-score呈负相关（R=-0.680,P=0.014）。结论:AID的菌群紊乱,淋巴细胞及其细胞因子异常。紊乱的菌群和免疫细胞及其分泌的细胞因子密切相关。AID患者的肠道菌群按其优势菌可以分为E1和E2两种肠型,根据其肠型特征构建的E-score评分可用于评价对甲氨蝶呤治疗的响应程度。高膳食纤维饮食可降低E-score评分,诱导肠型向E1型转化,改善CIA小鼠关节炎的症状,其机制可能是低E-score或E1型的肠道菌群产生更多的短链脂肪酸,刺激抗炎性IL-10细胞因子的分泌,诱导了小鼠的自身免疫耐受。