土地经营权入股在深化农村土地流转制度改革中不断得到完善和发展。农民作为土地经营权入股方,在民主决策和市场经营方面往往处于劣势地位。立法中对土地经营权属性界定模糊、现实中土地经营权价值评估机构缺失、受让方为追求经济利益最大化在合作经营过程中变相剥夺农民权利、地方政府为提高土地连片流转效率,存在弱化农民自主选择权强行推进农民入股现象。种种原因导致农民入股时本应享有的合法权益受到不同程度的侵害。农村土地经营权入股不同于其他性质的土地入股,它涉及农民基本生活保障的权益,亟待法律对入股流转规则做出细化规定。如何有效推进农民通过土地经营权入股流转提高土地利用效率,并切实保护农民股东的合法权益,是乡村振兴战略下实现农村经济高质量发展的重要问题。除绪论和结论外,本文主要分为以下四个部分。第一部分主要阐述了土地经营权入股中农民权益保护的基本理论。第一,对土地经营权入股的内涵进行分析。实践中土地经营权入股的主体范围进一步扩大,权利人对于“土地经营权”的取得不再受制于集体经济组织成员身份,土地经营权的受让方也可成为权利行使主体。第二,对土地经营权入股流转的法律属性进行辨析。目前关于土地经营权入股流转性质的主流观点有债权说和物权说,因土地经营权是建立在土地承包经营权基础之上,将土地经营权认定为独立的用益物权更有利于承包人农民的土地权益保护,还能够激励市场经营者对土地进行长期稳定投资。第三,对农民权益的保护范围进行分析。农民以入股方式流转土地经营权后享有的权益,既包含其基于农村集体经济组织成员的特殊身份延伸出的土地承包人权益,还包括《公司法》中规定的股东权益。第四,在规范意旨方面,对入股中农民权益进行保护不仅有利于完善农民土地权益法律表达机制,还能积极推进乡村振兴战略贯彻实施。第二部分对河南省A县土地经营权入股中农民权益保护现状进行分析。A县在推行土地经营权入股时程序混乱,部分基层政府为了实现规模化经营目标存在越权行为,违规替代农民签订入股合同剥夺农民自由选择权,导致入股后双方主体地位不明、农民股东权责边界模糊,救济权行使不通畅。同时,受让方作为市场经营主体,片面追求经济利益,在入股时低估农民土地价值,变相剥夺农民参与经营权,导致农民入股热情下降,背离“三权分置”价值目标。现阶段相较于其他性质的土地出资,农村土地经营权入股流转方式存在无价格、无市场、无法律保障上的平等地位等问题,从而导致农民股东权益受损情况时有发生。第三部分主要剖析了土地经营权入股中农民权益受损原因。通过对实证调研和现有理论研究成果的梳理,发现当前土地经营权入股时的法律关系较为复杂,法律并未对实践中出现的新型流转主体做出相应规范。入股程序缺少合理的规制,从源头上进行分析,发现我国现有土地经营权确权制度尚需完善、农村土地交易市场发育尚不成熟,限制了农民土地财产权益的充分实现。在入股配套制度方面,实践中指导农民土地经营权入股的专业中介组织较为匮乏,现有中介组织的服务质量和水平参差不齐,无法向农民提供专业的指导服务。另外,由于实践中多元化纠纷救济机制不畅通,在诉与非诉程序之间缺少有效的机制衔接,导致农民损益受损时救济不到位。第四部分提出了土地经营权入股中对农民权益进行法律保护的实现路径。以保护农民土地权益和促进乡村振兴为目标,结合我国国情和调研中总结的有益经验,建议从以下方面完善:第一,明确土地经营权入股中的法律主体。将各种新型流转主体纳入法律调整范围,廓清政府权责边界,禁止其利用公权力干预农民入股活动。第二,完善土地经营权入股程序。督促农村加快土地经营权的确权登记,注重农民土地权利公示。为了进一步提高农民参与土地经营权入股积极性,可以在《公司法》中明确赋予农民优先股降低农民经营风险,并鼓励地方开展农村土地经营权价值评估工作,完善土地经营权价值评估风险机制。第三,健全土地经营权入股配套制度,畅通农民权益救济通道。强化中介服务组织的主体责任意识,提高指导服务水平,降低流转风险。做好基层调解和司法救济有效衔接工作,探索多元、有效衔接的纠纷救济解决机制,为农民权益提供更为完善的法治保障。