【摘 要】
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目的:通过生物信息学方法对基因芯片数据库中急性髓系白血病（acute myeloid meukemia,AML）患者组学数据进行分析,获取AML中高表达且与预后不良相关的基因,并通过荧光定量PCR实验,验证其在AML中的表达差异。方法:（1）从基因表达数据库（gene expression omnibus,GEO）选取GSE9476和GSE37642数据集,筛选数据集GSE9476中的表达相关差异
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目的:通过生物信息学方法对基因芯片数据库中急性髓系白血病（acute myeloid meukemia,AML）患者组学数据进行分析,获取AML中高表达且与预后不良相关的基因,并通过荧光定量PCR实验,验证其在AML中的表达差异。方法:（1）从基因表达数据库（gene expression omnibus,GEO）选取GSE9476和GSE37642数据集,筛选数据集GSE9476中的表达相关差异基因及GSE37642中与AML预后不良相关的基因,上述结果取交集得到目的基因。（2）利用R软件进行单因素、多因素独立预后分析,并进行年龄及分子学特征相关性分析,探究目的基因表达水平与年龄、基因突变、融合基因的关系。（3）按照目的基因表达水平中位值将样品分为高、低表达两组,分析两组间存在差异表达的基因,对其进行功能富集分析,并选取前20个基因分析它们两两之间的相关性强弱。（4）利用String网站对两组间存在差异表达的基因进行分析,绘制蛋白互作网络图。（5）利用Oncomine和基因表达谱交互分析（gene expression profilling interactive analysis,GEPIA）数据库验证目的基因在AML患者和正常样本中的表达水平差异。（6）应用荧光定量PCR检测目的基因在AML患者与正常人中的表达差异。结果:筛选得到两个目的基因SHLD2和H1-0,均在AML患者中高表达,且与AML预后不良相关,其中SHLD2可作为AML的独立预后不良因素,且伴有RUNX1-RUNX1T1的患者SHLD2表达水平较低;H1-0不能作为独立预后因素,但大于等于60岁或伴RUNX1突变的患者H1-0表达水平较高。荧光定量PCR显示SHLD2表达水平在AML样本中低于正常人样本,H1-0表达水平在AML样本中高于正常人样本,但无统计学意义。结论:运用生物信息学方法对AML芯片数据进行分析,筛选并验证了2个与预后不良相关的高表达基因,分别为SHLD2和H1-0,其中SHLD2可作为AML的独立预后不良因素,可能是AML发生发展的潜在标志物和治疗靶点。
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