目的:随着抗菌药物的应用及生态环境的改变,耐药型金黄色葡萄球菌与野生的或不耐药的金黄色葡萄球菌相比较来说,耐药型金黄色葡萄球菌比例居高不下。患者和医生们手中的抗菌武器都在不断升级,金黄色葡萄球菌百折不挠的坚持导致人们的努力成效正在逐渐减少,我们仍然需要面对金黄色葡萄球菌不断变化的耐药性和它顽强的致病性。现代抗生素时代从弗莱明爵士开始,人们先后使用过青霉素、甲氧西林、万古霉素等抗菌药治疗金黄色葡萄球菌感染,金黄色葡萄球菌或是产生β内酰胺酶,或是从肠球菌中得到对抗药物的基因片段,或是自身的基因开始了一次次适应抗生素环境的突变。金黄色葡萄球菌与人类抗菌药物的战争从未停歇。所以从基因层面着手寻找金黄色葡萄球菌耐药的根源和机制,归纳金黄色葡萄球菌耐药菌株的药靶,掌握其耐药基因的动态变化,探索耐药基因变化的临床意义和寻觅新的抗菌药物显得尤为必要。在细菌中高表达基因、必需基因、基因组岛基因和物种特有的基因更有可能成为有效药靶。近些年来异军突起的生物信息学在药靶基因筛选方面在成本,时间和自动化上具有优势,我们可利用生物信息学方法从基因层面筛选金黄色葡萄球菌药靶基因。方法:从NCBI数据库中下载金黄色葡萄球菌的49个菌株基因组及其注释信息,得到2767个细菌基因组来进行重注释。结合Zcurve,Prodigal,Glimmer等重注释软件重新注释金黄色葡萄球菌基因组并预测到61个漏注释基因,识别新的ORFs,通过同源比对被注释为新基因。从paxdb下载金黄色葡萄球菌的49个菌株蛋白表达数据,取最高表达的10%作为潜在的高表达基因。从必须基因库DEG数据库下载后挑选出49个金黄色葡萄球菌的菌株必需基因,从金黄色葡萄球菌菌株N315与NCTC开始取交集后逐渐推广到49个金黄色葡萄球菌菌株,反复取交集后得到必须基因170个。从Island Viewer的网站获取已测序的基因组岛基因。挑出金黄色葡萄球菌的基因组岛序列,结合NCBI的同源Blast比对来确定它的基因组岛基因32个。通过同源比对排除人类及有益肠道菌群基因,最后在Drug Bank上检索核查目标药靶的作用通路蛋白和是否可制成药品。结果:通过反复筛选后排除肠道有益菌群后最终得到SAZ172＿0418,SAZ172＿0420,SAZ172＿1976,SAZ172＿1978,SAZ172＿1980,SACOL1524,SA2981＿1507,SA2981＿2326,SA2981＿2521,SA2981＿1955等10个基因可能作为药靶的基因。结论:1.本文的研究方法可作为多种微生物的抗菌药物研制或更新的方法之一;2.本文方法筛选出的10个基因对金黄色葡萄球菌耐药菌株的广谱抗菌药研制研究提供理论帮助;3.10个潜在药靶基因的对应药物不会引起人类肠道菌群失调导致各种并发症的出现及对人体产生较大的副作用。