本文利用分子力学,分子动力学和量子化学方法,对四种蛋白体系进行了三维结构预测及分子对接的理论研究。主要内容包括:1. 利用同源模建和分子动力学模拟,得到了乙肝表面抗原片段HBsAg (44-170)的三维结构。通过对活性部位的分析,设计了与抗原片 段相相结合的配体。2. 通过同源模建和分子动力学模拟,模建了scFv2F3 的三维结构。经 过对活性部位的分析和化学修饰,推测出与底物结合部位,得到了 具有谷胱甘肽过氧化物酶GPx 活性的抗体酶Se-scFv2F3 的构型。推 断出对scFv2F3 化学修饰的位点为SerH52。为GPx 催化机制及其生 物学效应的进一步探讨提供了基础。3. 通过同源模建和分子动力学模拟,模建了氟乙酸脱卤素酶FAc-DEX FA1 的三维结构。为了使用量子化学(Quantum Chemistry)计算描 述该酶在气相和液相的催化过程,设计了反应模型。计算结果揭示 出氟乙酸脱卤酶反应的第一阶段为SN2 取代反应。在动力学上,该 反应在气相下比液相下更有利。4. 通过同源模建和分子动力学模拟,模建了卤代烷烃脱卤酶DhmA 的 三维结构。对卤代烷烃脱卤酶DhmA 和1,2-二氯乙烷进行了对接, 得到了复合物的结构。从相互作用的能量和空间几何位置分析, Try124 和Ala168 参与卤代烷烃脱卤酶DhmA 的脱卤过程。