政府投资项目是维护社会生产和生活的基础，是支撑城乡健康运行的命脉，对经济社会的可持续发展，促进和谐社会构建起着重要作用。随着我国政治、经济体制改革不断深化，城市化迅猛发展，政府投资项目面临新的形势。适应新形势的需要，如何在政府投资项目中使有限的公共资源实现尽可能大的公共利益，需要从理论上做出新的探索。因此，本论文选择代建制模式下政府投资建设项目治理结构为研究主题，力图通过对代建制模式下政府投资项目治理结构的系统、深入的研究，为提高我国政府投资项目效果提出一些思路和方法。　　 中国正在进行政府投资项目管理方式的改革，其中建立和完善政府投资项目治理结构和治理机制是深层次制度改革的关键问题之一，政府投资项目治理可以分为内部治理与外部治理两个部分。　　 在内部治理方法上，分析了代建制费用控制的信息非对称性问题，建立了政府与代建单位的效用函数，推导出了费用控制模型。探讨了存在道德风险情况下，政府如何激励代建单位主动降低代建费用的问题，并利用粒子群算法对模型进行求解与分析。政府利用所建的费用控制模型，能够减少代建单位的道德风险，从而机制上达到控制代建费用的目的。　　 外部治理则是以外部市场竞争机制的建立为主，但由于政府投资项目委托代理链的特殊性并要考虑政府投资人的巨大影响，因此政府投资项目的政府监督机制也是一种重要的外部治理机制。此部分讨论了包括市场竞争机制和政府宏观监督体系的外部治理。