现阶段,我国以地方主导的生态环境保护管理模式在体制上存在较多的弊病,在统筹协调处理经济社会发展与生态环境保护方面存在一定的障碍,因此,党的十八届五中全会明确提出,必须要实行省以下环保机构监测监察执法垂直管理,2019年云南省印发《云南省生态环境监察执法垂直管理制度改革总体工作方案》,这代表着云南省生态环境保护系统垂直管理改革正式启动。为了顺利有效推进生态环境保护系统垂直管理改革,本文将以云南省曲靖市环保系统为个案,采用文献资料法、案例研究法以及实地调研法等研究方法,对曲靖市生态环境保护系统改革前后职能履行情况进行对比,并以此提出推进生态环境保护系统实行垂直管理方式的必要性和前瞻性。同时,以曲靖市生态环境保护系统改革为典型案例参考,对垂直管理后曲靖市生态环境系统机构建设、协同治理、职能运转情况进行梳理,分析垂直管理方式在破除地方保护主义、提升生态环境保护权威性、优化机构队伍建设和统筹解决跨区域跨流域环境问题方面的巨大优势,并进一步研究在垂直管理磨合期所产生的地方政府环保责任的落实缺乏保障、产生“环保一刀切”等非理性行为、生态环境系统与党委政府关系僵化等新出现的矛盾问题,最后从理论角度给出推进生态环境保护机构垂直管理改革的思考与建议,从协同管理、责任落实、区域联动、治理保障、社会参与等5个方面提出优化垂直管理方式的路径选择,以期完善曲靖市生态环境保护系统垂直管理制度。本文不仅为曲靖市生态环境保护机构垂直管理改革提供了具有针对性、可行性的意见建议,并且该研究对云南省甚至是更大区域内所推行的生态环境保护垂直管理改革也具有一定的参考价值和理论意义。