高校在国家创新系统中担负着人才培养、知识创新、技术创新和知识传播的重任，是科技创新的重要主体。提高高校的科技创新能力与水平，对于提高国家的科技竞争力、促进经济发展与社会进步有着重要意义。论文旨在对国家创新系统理论构成进行分析的基础之上，通过比较高校在国内外创新系统的地位和作用，研究我国高校科技创新的运行机制，发现其中的问题并提供相应对策。 论文首先阐述了国家创新系统的涵义、构成要素与运行过程，并指出我国国家创新系统的特点。然后分析高校在国家创新系统中所承担的职能，即人才培养、知识创新、技术创新和知识传播。既而通过投入与产出方面的数据分析，研究高校在我国创新系统中所处的地位，得出高校比科研机构和企业更具有科技竞争力的结论。在此基础之上，进一步分析我国高校科技创新在宏观、中观和微观层面的管理体制与机制。论文提出了我国高等教育科技创新的体制与机制是制约高校科技创新能力建设的主要因素之一，其关键在于不同层面存在着一些矛盾和问题。这些主要矛盾是：宏观方面为科研经费条块分割式的大量投入与整体的科技产出较低之间的矛盾；中观层面为政府集权式管理与高校自主创新之间的矛盾：微观层面为高校提高科技创新的效率与效果之间的矛盾。论文还针对这些不同层面的矛盾提出了相应的解决对策。 论文的创新在于用国家创新系统的相关理论分析高校科技创新的构成要素、一般过程与运行机制；从宏观、中观和微观三个层面研究我国高校科技创新的体制与机制中的主要矛盾并提出了解决对策。