【摘 要】
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鸭传染性浆膜炎是由鸭疫里默氏菌（Riemerella anatipestifer,RA）引起的主要感染鸭、鹅等禽类的传染病,发病率高,是影响全球养鸭业发展的重要疾病。如今已确认的鸭疫里默氏菌血清型至少21种,且不同血清型间基本无交叉保护,现有疫苗难以针对性预防。目前暂无可靠的特异性PCR检测方法可用于检测该病。基于此本研究利用92株鸭疫里默氏菌全基因组数据筛选靶序列进而建立特异性PCR检测方法,同
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鸭传染性浆膜炎是由鸭疫里默氏菌（Riemerella anatipestifer,RA）引起的主要感染鸭、鹅等禽类的传染病,发病率高,是影响全球养鸭业发展的重要疾病。如今已确认的鸭疫里默氏菌血清型至少21种,且不同血清型间基本无交叉保护,现有疫苗难以针对性预防。目前暂无可靠的特异性PCR检测方法可用于检测该病。基于此本研究利用92株鸭疫里默氏菌全基因组数据筛选靶序列进而建立特异性PCR检测方法,同时调查2019年至2021年全国范围内鸭疫里默氏菌流行情况,为疾病防控提供参考。在调查过程中发现了一株里默氏菌属新种,菌株编号为RCAD0985。首先,利用ATCC 11845基因组作为查询对象,与美国国家生物技术信息中心（National Center for Biotechnology Information,NCBI）参考基因组数据库（Refseq genome database）中收录的92条鸭疫里默氏菌全基因组序列比对,筛选保守片段。再将所得保守序列与去冗余核酸数据库（Nucleotide collection,NT）比对,排除非鸭疫里默氏菌特异序列,得到候选靶序列。利用oligo 7在候选序列中设计引物。对引物进行特异性、保守性、灵敏度和准确率评价。引物扩增产物长334 bp,位于J6M13RS09305基因,能特异性鉴定鸭疫里默氏菌。对不同稀释度的鸭疫里默氏菌DNA样品进行扩增,最小检出量为1×10-5 ng/μL和100 CFU/m L。本研究建立的鸭疫里默氏菌特异性检测方法准确率为99.0%（510/515）。与细菌分离鉴定方法的一致性好（kappa=0.884,P＜0.001）。同时对2019年至2021年送检病料进行细菌分离和鉴定,采用玻片凝集试验鉴定鸭疫里默氏菌分离株血清型。共分离到鸭疫里默氏菌450株,其中2型77株（17.1%）,5型50株（11.1%）,6型59株（13.1%）,11型87株（19.3%）。调查结果显示近三年我国主要流行血清型为2、5、6、11型,优势血清型为11型。在调查过程中发现了一株里默氏菌属新种。该菌形态特征和生化特性与鸭疫里默氏菌较为相似,基因组全长2.5 Mb,G+C含量为39.57%,在16S r DNA系统发育树中与里默氏菌属菌株位于同一进化枝。与里默氏菌属种内细菌全基因组比对得到Ortho ANIu值的范围为72.72%~75.48%,DNA-DNA杂交值为20.2~22.1%。结合形态学观察、生理生化鉴定证实RCAD0985为里默氏菌属新种,命名为Riemerella anaschoana.sp.nov.。
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