目的:通过高通量16s rDNA测序探索良恶性胆道梗阻患者胆汁中菌群的差异,为寻找良恶性胆道梗阻更有效的鉴别诊断方法及可能的致病原因提供新思路。方法:采用前瞻性的随机对照研究方法,对2017年8月至2018年8月期间因胆道梗阻行ERCP术的患者进行术中胆汁留取,并对所留取的胆汁标本进行高通量16s rDNA测序。分析比较胆总管结石所致胆道梗阻(胆管结石组)与胆道肿瘤所致胆道梗阻(胆道肿瘤组)患者胆汁中的菌群差异。结果:本研究共纳入124例研究对象,其中胆管结石组92例,胆道肿瘤组32例。比较两组患者胆汁中菌群差异,结果显示:胆管结石组与胆道肿瘤组胆道菌群在菌群多样性方面无显著差异。但物种差异分析方面发现两组存在明显差异的菌群,其中胆管结石组主要的特征菌群为:Granulicatella(颗粒链菌属)、Neisseriaceae(奈瑟氏球菌科)、Carnobacteriaceae(肉杆菌科)、Erythrobacteraceae(赤杆菌科)、Bulleidia(牛肝菌属)、Hyphomicrobium(生丝微菌属)、Parvimonas(单胞菌属)、Filifactor(产线菌属);胆道肿瘤组主要的特征菌群包括:Lactobacillus(乳酸杆菌属)、Anaerovibrio(厌氧弧菌属)、Mitsuokella multacida(多酸光冈菌种)、Mitsuokell(光冈菌属)、Peptococcaceae(消化球菌科)、Bifidobacterium_longum、Pasteurella pneumotropica(嗜肺巴氏杆菌种)。此外,通过KEGG代谢通路分析发现,与胆道肿瘤组相比,胆管结石组胆汁中的特异菌群主要为参与调控细菌粘附、定植、侵袭相关基因表达的细菌。参与的基因表达及信号通路包括:黏附斑、胞浆DNA传感通路、细胞粘附分子、细胞外基质受体相互作用、紧密连接、肌动蛋白细胞骨架的调控、光传导、白细胞迁移、粘合连接等。结论:胆管结石组与胆道肿瘤组的患者具有显著差异的菌群,其中胆管结石组特异菌群更多参与细菌粘附、定植、侵袭相关基因表达。