三峡水库的运行改变了水库消落区的环境,对消落区植被产生了重要的影响。消落区的植被能否适应这种环境的改变,决定了其能否在消落区长期稳定存在,消落区植被的稳定存在对消落区生态环境的稳定具有重要作用。不同高程的植物种群每年均需要面对不同的水淹强度和不同的水淹持续时间,为适应这种长时间、高强度的水淹环境,不同高程的植物种群需要进化出不同的策略以适应环境,已有研究表明消落区不同高程的植物物种种内发生性状分化以适应不同高程的环境,并具有一定的进化潜能。为了探究三峡水库消落区植物种群对不同高程差异化环境的适应,以及这种适应是否能够持续存在,本研究以三峡水库消落区不同高程的优势一年生植物西来稗的种子为实验材料,将其种植于同质园环境中,研究不同高程西来稗种群间的表型分化格局;基于转录组测序,研究不同高程西来稗种群的表型差异来源,并开发SSR分子标记;利用获得的在西来稗种群间具有多态性的SSR分子标记探讨了三峡水库消落区4个高程西来稗种群的遗传多样性和遗传分化。主要研究结果如下:1)对来源于不同高程的西来稗种群的生长性状和繁殖性状进行对比分析,发现来源于不同高程的西来稗种群在生长性状和繁殖性状间存在显著差异。与低高程植株相比,高高程西来稗植株个体更大,主要体现在高高程植株的叶片长度更大、叶片数目和分蘖数目更多;但低高程植株的物候期提前,对繁殖分配投入更大,并产生了更多的花序数目和更大的种子。2)对三峡水库消落区4个高程的西来稗植株叶片进行转录组测序,共获得高质量的二代测序数据84.2 Gb,三代全长非冗余转录本45,959条。这是目前报道的最大的西来稗转录组数据集,可以为西来稗的功能基因组研究提供大量的参考序列。比较不同高程西来稗植株的差异基因,并对其进行注释,发现昼夜节律可能是导致其繁殖策略不同的原因之一。3)利用全长转录组测序技术获得了大量的西来稗全长序列,从45,959条全长非冗余转录本中,共搜索到19880个SSR位点,三核苷酸重复基序是全部SSR中最主要的重复基序,共10052个,占总重复类型的53.08%。对SSR分子标记进行引物设计,共得到引物18123对,随机挑选100对以三碱基为重复单元的引物进行多态性的检测,能扩增出清晰目标条带的有49对引物。其中符合预期片段大小的引物35对,9对引物在4个西来稗种群中具有多态性。4)利用9对多态性SSR引物对4个高程西来稗种群进行遗传多样性和遗传分化的研究。共获得等位基因（Na）99个,平均有效等位基因（Ne）2.87个,平均Shannon信息指数为1.32。对4个高程西来稗种群的遗传分化研究发现,159m高程与165 m高程西来稗种群之间遗传分化系数最小（0.0104）,153 m高程与170 m高程西来稗种群之间遗传分化系数最大（0.0413）,且153 m高程与159 m、165 m、170 m高程西来稗种群之间遗传分化系数逐渐增大,说明不同高程西来稗种群之间遗传分化程度较小,但呈现一定的分化趋势。群体遗传结构分析结果显示西来稗4个种群分为了3个种群,其中153 m、170 m高程西来稗种群均各自成为一类,而159 m、165 m高程种群聚为一类。综上所述,三峡水库的运行导致不同高程的西来稗种群在差异化的水淹环境中产生了生长、繁殖性状的分化,遗传分化的程度较小,但出现了一定的分化趋势,具有一定的进化潜能。低高程西来稗种群植株性状对水淹环境响应更积极,可适用于退化河岸带的生态修复。本研究有助于深化理解一年生植物对环境胁迫的适应以及在水库消落区持续存在的机制,为大型水库消落区的植被恢复和生态修复提供了理论基础和科学依据。