在中国哲学史上，各种哲学形态随时代的变迁而相继更替，作为中国传统哲学主体的儒家哲学，亦在不同的社会阶段呈现不同的理论形态。晚明儒学即处于宋明时期的理学由巅峰而转向衰落的这一特殊阶段。从朱熹的理学到阳明心学，其哲学视域并不是向外扩大，而是不断的向内收敛，儒学自身越来越注重“内向观察”，即逐渐偏重于内在德性的修养，从而忽视了“见闻之知”，时至晚明，这一逻辑发展到了极致。晚明儒学中直觉、体悟等神秘体验风气流行，甚至逐渐取代了理性的知识，使得儒学趋向于神秘主义。在宋明理学自身逻辑的发展与晚明社会变迁的影响双重作用下，晚明儒学由于吸收了较多的佛、道二教的宗教因素，从而出现了宗教转向。晚明儒学的宗教转向，具体体现在晚明士人在推行教化而会讲时的“神道设教”，讲学活动中所体现的“避世”的精神向度，悟道过程中的神秘体验以及以“因果报应”为内容的道德劝善活动等几个方面。随着明清易代后的学术形态转变，学者所关心的问题意识的转变，儒学宗教化这一问题，亦重新回到了学术的边缘。晚明儒学宗教化的影响，亦汇聚为一股潜流而潜伏于历史之中。