小麦族植物中不同属间、种间的自然杂交现象较为常见。刘晓燕（2017）报道了8份五倍体自然杂种（SH01-SH08,2n=35,StStHHY）,2份四倍体自然杂种（SH09&SH10,2n=28,StStHH）。为探讨这10份自然杂种的起源和形成机制,本研究利用2个细胞核基因（Acc1与Pgk1）以及1个叶绿体基因（trnL-F）对10份自然杂种及其伴生物种、可能的亲本供体和小麦族基本二倍体供体种进行系统发育分析,探究10份自然杂种可能的亲本供体,探讨杂种形成机制,为下一步杂种的育种利用及恢复杂种育性提供基础理论资料。主要结果如下:1.从10份自然杂种（SH01-SH10）中共克隆了45条Acc1序列以及42条Pgk1序列以及10条trn L-F序列。2.五倍体自然杂种（SH01-SH08）具有两种不同来源的St和H基因组,一个Y基因组,基因组组成为St₁St₂H₁H₂Y;四倍体自然杂种（SH09&SH10）具有两种不同来源的St基因组,一个H基因组,基因组组成为St₁St₂HH。3.根据2个细胞核基因（Acc1与Pgk1）和1个叶绿体基因（trn L-F）系统发育分析的结果表明:（1）SH01、SH02、SH03、SH05、SH06这5份自然杂种的亲本分别来自短芒曲穗草和老芒麦,且短芒曲穗草为母本;（2）SH04和SH07这2份自然杂种的亲本来自垂穗曲穗草和老芒麦,且垂穗曲穗草为母本;（3）SH08的亲本是麦宾草和老芒麦,且麦宾草为母本;（4）2份四倍体自然杂种SH09和SH10的亲本是老芒麦与一个尚不明确的披碱草属物种,且老芒麦为母本。