在日常的公司治理中,公司新老股东的更替,注册资金的增减以及公司的股权结构调整等均会导致公司治理及市场交易产生巨大复杂性与高度不确定性,公司的治理结构和管理模式须随市场的转变而调整。如何更好的解决公司现实困境,采取适合的治理工具是公司的首要目标。公司章程在以往的公司治理中为公司运营提供了规范化的指导,极大地节约了公司事前的交易成本,起到了至关重要的作用。但其僵化的法定公司治理结构,事后治理成本的提升,与公司对降低成本和提高灵活性的需求格格不入。而股东协议对股东平权、中小股东的保护、维护人合性、改变治理结构、调整风险分配格局等起到至关重要的作用,成为有限责任公司寻求突破僵局的重要治理工具,在某种程度上已代替了公司章程,甚至形成以协议代替公司治理的现象。在近期的公司法修订草案中,支持有限责任公司通过股东协议构建公司治理的新秩序,对股东权利义务和公司内部管理事项产生影响。但在实践中,违反公司章程的股东协议效力认定问题较为尖锐。笔者希望通过本文研究违反公司章程的股东协议效力认定问题,以求有所突破。本文中,笔者将分几个章节探讨违反公司章程的股东协议效力认定问题。第一章中笔者以实践中的案例探讨违反公司章程的股东协议效力认定问题,发现当股东协议与公司章程约定不一致时,股东协议的效力认定问题存在困难,尤其是股东间对二者的适用产生较大的分歧。笔者对实践中关于违反公司章程的股东协议效力认定问题进行归纳总结裁判观点,归纳出效力认定问题的核心争议点。第二章中笔者对违反章程的股东协议之效力认定裁判不一成因进行分析,笔者主要从三个方面进行讨论,分别是股东协议在《公司法》依据上的缺乏、股东协议与公司章程的法律性质比较、代表意志不同对股东协议效力的影响。笔者认为,股东协议在《公司法》依据上的缺乏,导致股东协议的效力无法得到认定;并且通过对股东协议与公司章程的法律性质比较,发现学术界和实践中对股东协议双重属性认识的不足或重视程度不够,导致了股东间常常对违反公司章程的股东协议认定问题存在纠纷。与此同时,全体股东或部分股东订立的股东协议引发股东协议代表意志不同,更加重了对股东协议效力认定的困难。第三章中,笔者将借鉴域外法,针对违反公司章程的股东协议效力认定问题提出解决路径。笔者认为,目前必须规范股东协议的适用,尤其是规范股东协议与公司章程的现实衔接;理清股东协议与章程存在功能上的互补以及内容上的相互印证关系;最后,须构建股东协议效力认定规则,为不同内容、不同代表性的股东协议认定提供可行的判断标准,以此解决股东间对股东协议与公司章程的适用纠纷。结语中对本文进行了归纳总结,对违反公司章程的股东协议效力认定问题、成因以及解决路径进行提炼,强调股东协议的重要性以及对违反公司章程的股东协议效力认定问题解决的必要性。